Ensamblaje y anotación del genoma de una bacteria perteneciente a la familia Campylobacteraceaea partir de datos metagenómicos del tracto digestivo de la mosca soldado Hermetia illucens
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Date
2024
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Publisher
PUCE - Quito
Abstract
La presente investigación aborda la reconstrucción y anotación del genoma de una bacteria de la familia Campylobacteraceae, obtenida a partir de información metagenómica del tracto digestivo de la mosca soldado negra (Hermetia illucens). Para ello, se empleó secuenciación shotgun con tecnología Illumina. El protocolo incluyó un exhaustivo control de calidad (mediante FastQC y Trimmomatic), seguido de la eliminación de lecturas del hospedador mediante mapeo con Bowtie2 (utilizando como referencia el genoma de H. illucens) y la generación final de archivos FASTQ libres de secuencias no deseadas. Posteriormente, en la plataforma KBase se llevaron a cabo múltiples ensamblajes (empleando metaSPAdes, MEGAHIT e IDBA-UD) y se determinó la calidad de los contigs generados. Para agruparlos en bins de alta calidad, se aplicaron diversas herramientas de binning y optimización (MaxBin2, MetaBAT2, CONCOCT y DAS Tool). Este proceso permitió identificar el bin 003, asignado taxonómicamente a Campylobacter mediante GTDB-Tk. El análisis funcional reveló un genoma cercano a 1.7 Mbp, con un nivel elevado de integridad y una contaminación mínima. En dicho genoma se identificaron rutas metabólicas fundamentales para la producción de energía (incluidos los complejos de la cadena de transporte de electrones) y elementos asociados con la biosíntesis de siroheme. Aunque se evidenciaron posibles mecanismos de resistencia a antibióticos, investigaciones complementarias no confirmaron la presencia de genes de resistencia relevantes, lo cual podría deberse a limitaciones en la calidad del ADN o a errores en el proceso de filtrado de datos.
Description
Keywords
Metagenómica, Insectos vectores, Control de calidad, Análisis funcional