Análisis metagenómico de virus de plantas presentes en muestras de heces de primates del Ecuador
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Date
2024
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Publisher
PUCE - Quito
Abstract
La secuenciación de nueva generación ha revolucionado la detección y el descubrimiento de virus, permitiendo la caracterización no dirigida de viromas completos. Los estudios de metagenómica viral han demostrado la pequeña fracción de la biodiversidad viral descrita hasta la fecha. La mayoría de los estudios que utilizan secuenciación para caracterizar virus de plantas se han centrado en cultivos económicamente importantes, sólo un pequeño número de estudios han considerado diferentes fuentes de muestras como heces de primates. Caracterizar los virus de plantas ingeridas por los primates es muy relevante, ya que estas plantas pueden afectar la dinámica en los cultivos, actuando como reservorios virales. En el presente estudio, se trabajó con las secuencias de 11 muestras de heces de primates obtenidas por secuenciación masiva shotgun. Se seleccionó un pipeline bioinformático considerando la secuencia del hospedador y se procesó los datos a través del clúster de CEDIA en Linux. La asignación taxonómica se realizó en MEGAN6 v 6.25.9 y el ensamblaje en Geneious prime v 2024.0.5. Se detectaron algunos géneros virales en donde predominaron Fabavirus y Tobamovirus con sus especies representativas Broad bean wilt virus 1 y Tobacco mosaic virus respectivamente. En el ensamblaje, se confirmó la presencia de Tobacco mosaic virus para algunas muestras. Estos datos sugieren la presencia de virus en plantas asociados con leguminosas y frutales. Además, se demostró las tendencias inesperadas en la distribución de virus, resaltando el potencial de la metagenómica como enfoque de conservación de la biodiversidad y seguridad alimentaria.
Description
Keywords
Metagenómica, Tobamovirus, Virus de las plantas, Primates (Heces), Conservación de la biodiversidad