Tesis - Microbiología (Sin Restricción)
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Relative prevalence of delH69V70 among SARS-CoV-2 infected individuals during the initial Omicron wave in Ecuador(PUCE - Quito, 2023) Jaramillo Pérez, David Alejandro; Costales Cordero, Jaime AlfredoBackground: The SARS-CoV-2 transmission dynamics in Ecuador was profoundly affected by the arrival of the Omicron variant, whose high transmissibility allowed it to overtake the much more virulent Delta variant. The delH69V70 mutation, which is found in the Omicron 21K variant, allows the virus to spread efficiently in the population due to its capability of increase the tolerance of mutations related to the immune escape and improving the infection. Methods: Between December, 2021, and May 2022, 44,670 samples were analyzed for SARS-CoV-2 infection at the Pontificia Universidad Católica del Ecuador Molecular Diagnostic Laboratory (MLD-PUCE), in Quito, Ecuador. RNA remnants from 1,693 SARS-CoV-2 positive samples were further tested using sets of primers designed to discriminate the presence absence of five specific SARS-CoV-2 mutations (delH69V70, E484K, K417N, L452R and N501Y), which in turn allow for discrimination of six variants (Delta, Mu, Omicron 21K, Omicron 22A/22B, Omicron 21L and Omicron 22C). Results: Fifty SARS-CoV-2 positive samples did not display any of the mutations detectable with the qPCR testing scheme employed in the study. One-hundred sixty-two samples carried the Delta (L425R) mutation. Five of them carried the MU/GAMMA (N501Y/E484K) mutation pattern. Most of the studied samples (1,375) carried the delH69V70 mutation, suggestive of Omicron 21K. Eighty-five samples carried the N501Y and K417N mutations. Two samples carried delH69V70 and L452R mutations, and 8 of them carried the N501Y, K417N and L452R mutations. Discussion: Our results indicate that the arrival of the Omicron variant to Ecuador is associated with a sudden increase in cases between December 2021 and March 2022. Our data suggest Omicron replaced Delta as the predominant variant in the country in just 6 days (4 since it was first detected in MDL-PUCE). The prevalence of the Omicron variant among our dataset correlates well with data form the Ecuadorian Ministry of Health indicating a sharp increase of COVID-19 cases in the country. This investigation showcases the impact of Omicron´s transmissibility on the dynamics of COVID-19 in Ecuador.Item Open Access Caracterización fenotípica de microalgas y cianobacterias del perifiton de los ríos aportantes del embalse Succus(PUCE - Quito, 2025) Guapi Albán, Kimberly Elizabeth; Astorga García, DianaEl embalse Succus es un ecosistema acuático altoandino que provee de agua potable al Distrito Metropolitano de Quito. Se ve afectado directamente por el cambio climático, que provoca que las variables físicas, químicas y biológicas se desestabilicen y deriven en alteraciones en las comunidades microbianas y macroscópicas, su composición, fluctuaciones y tendencias. Con el objetivo de caracterizar fenotípicamente microalgas y cianobacterias del perifiton de los ríos aportantes de este embalse, para establecer una línea de base para el estudio de la composición de la comunidad microbiana fotosintética, la determinación biológica del estado trófico y su relación con la calidad de agua para consumo humano, se realizaron dos muestreos en dos tributarios en febrero y abril de 2021. Se tomaron muestras de sedimento, raspado de rocas y plantas nativas semisumergidas. Las muestras se examinaron bajo un microscopio óptico invertido. Se caracterizaron morfológicamente los microorganismos fotosintéticos presentes y se utilizaron claves taxonómicas para su clasificación. En paralelo, se obtuvieron tres cultivos monoalgales en medio BG11 sin nitrógeno, dos de cianobacterias (Anabaena y Nostoc) y una microalga (Chlamydomonas). En total, se identificaron 39 taxones distribuidos en los filos Charophyta, Cyanobacteria, Bacillariophyta, Chlorophyta y Euglenozoa. El 53,85% de las especies poseyeron estructuras adaptativas clave para la matriz en la que se desarrollan. Además, 51,3% de los taxones pudieron considerarse como bioindicadores del estado del ecosistema. Gracias a su presencia, se concluyó que el embalse se encuentra en transición entre la oligotrofía y la mesotrofía. Se recomendó un estudio sistemático de, al menos, seis meses en el que se detecte no solo la presencia/ausencia de taxones, sino también su abundancia y/o cobertura. Esto conduciría a una mejor comprensión de las fluctuaciones en la composición de la comunidad perifítica con relación a los parámetros ambientales, la previsión de posibles cambios y la implementación de medidas preventivas y/o paliativas, en función de los taxones que tiendan a dominar la comunidad perifítica y sus consecuencias para la calidad del agua.Item Open Access Evaluación de la efectividad del tratamiento con PIP/TZ en base a su CMI en pacientes ingresados en la UCI por shock séptico causado por bacilos Gram negativo aislados de hemocultivos: estudio observacional retrospectivo(PUCE - Quito, 2024) Garrido Ortiz, Dylan Esteban; Estrella Vásquez, Sonia MargaritaEn este estudio observacional retrospectivo se determinó la asociación entre la CMI de PIP/TZ y la supervivencia de pacientes ingresados a la UCI por shock séptico causado por BGN aislados de hemocultivos entre enero de 2021 y diciembre de 2023. El shock séptico es un problema de salud importante que afecta significativamente la morbilidad y mortalidad. Además, continúa siendo la principal causa de muerte por infección tanto en países desarrollados como en aquellos en vías de desarrollo. Este trabajo tiene como objetivo aportar información relevante que permita al médico intensivista dilucidar si el tratamiento con PIP/TZ, basado en la CMI, se convierte en una opción terapéutica favorable para el paciente crítico con shock séptico causado por BGN. Se consideró como población de estudio a todos los pacientes mayores de 18 años internados en la UCI de un hospital de segundo nivel en el norte de Quito que presentaron shock séptico causado por BGN. La recolección de información se realizó a partir de sus bases de datos. De 68 pacientes, 32 cumplieron los criterios. De ellos, el 81,2 % tenía CMI sensible, el 9,4 % tenía una CMI DSD y el 9,4 % tenía una CMI resistente. La mortalidad fue del 25 %, siendo Escherichia coli el BGN más común en los pacientes y las infecciones urinarias el foco más frecuente. La hipertensión y la diabetes fueron las comorbilidades más comunes. En conclusión, no se encontró un valor estadísticamente significativo en ninguna variable analizada en el estudio, ni se pudo predecir que una CMI de PIP/TZ más alta dentro del rango de susceptibilidad intermedia o susceptible tuviera una influencia significativa en el resultado de los pacientes con shock séptico causado por enterobacterias. Por ende, no se pudo determinar el éxito terapéutico en función de la Concentración Mínima Inhibitoria de Piperacilina/tazobactam.Item Open Access Brotes alimentarios por el consumo de carne de pollo en Ecuador(PUCE - Quito, 2025) Aguirre Maldonado, Verónica Alexandra; Astorga García, DianaLa carne de pollo es un alimento de alto valor nutricional y bajo costo, lo que la convierte en un componente esencial en la alimentación humana, especialmente en Ecuador, donde es uno de los productos más consumidos. Sin embargo, su consumo presenta riesgos asociados a enfermedades transmitidas por alimentos (ETAs), especialmente por la presencia de microorganismos patógenos como Salmonella spp., Listeria monocytogenes y Staphylococcus aureus. Estos patógenos representan un grave problema para la salud pública, ya que pueden causar enfermedades gastrointestinales. En Ecuador, la carne de pollo está entre los alimentos de mayor riesgo debido a la prevalencia de Salmonella, lo que aumenta el potencial de transmisión de ETAs. El objetivo principal de este estudio fue analizar los brotes alimentarios asociados al consumo de carne de pollo en Ecuador, evaluando los factores microbiológicos, las prácticas de manejo y las medidas de prevención implementadas. A través de una revisión bibliográfica, se investigaron los principales patógenos y factores de riesgo en el contexto ecuatoriano, así como los casos documentados de brotes alimentarios en los últimos 5-10 años. También se evaluaron las políticas de seguridad alimentaria y las prácticas de manejo y comercialización, con el fin de proponer recomendaciones para reducir la incidencia de estos brotes. Los hallazgos indican que la implementación de Buenas Prácticas de Manufactura (BPM) y el monitoreo sistemático en puntos de venta son fundamentales para mejorar la seguridad alimentaria y reducir los riesgos de contaminación microbiológica en la carne de pollo.Item Open Access Caracterización morfológica de aislados bacterianos provenientes de una piscina de petróleo de la amazonía ecuatoriana(PUCE - Quito, 2023) Tobar Cifuentes, Jonattan Daniel; Jara Negrete, Eliza NuitDentro de la diversidad microbiana existen varios microrganismos que tienen la capacidad de sobrevivir en ambientes con condiciones extremas de contaminación, como lo son las piscinas de petróleo. Estas piscinas tienen altas concentraciones de hidrocarburos, los cuales pueden afectar a la homeostasis de los microorganismos. Se tomaron muestras de la capa orgánica que recubre una de estas piscinas ubicada en la Amazonía ecuatoriana, para aislar bacterias e interpretar sus características morfológicas y fisiológicas a fin de identificar si pertenecen al filo Actinomycetota. Los aislados previamente purificados fueron cultivados en diferentes medios sólidos y líquidos, a niveles de pH entre 1,8 a 12, con una única fuente de carbono proveniente de diversos carbohidratos, a fin de obtener información de sus características físicas y metabólicas. Como resultado, se observó que la mayoría de las cepas prestaron características morfológicas tanto macroscópicas como microscópicas similares que coinciden con aquellas del filo Actinomycetota. Las cepas EC 17 y EC19 fueron las únicas que no presentaron esporulación. Se encontró que cinco cepas fueron capaces de producir pigmento melanoide. Por otra parte, todas cepas tienen la capacidad de crecer en niveles de pH desde 4 hasta 10, y la mayoría llegaron a utilizar al menos un carbohidrato estudiado, siendo así que la cepa EC13 tiene la capacidad para utilizar todos los carbohidratos estudiados. Teniendo en cuenta estas características, se las comparó con la literatura referente a actinobacterias de suelos contaminados con hidrocarburos y con las descripciones del Manual de Bergey, con lo que se logró identificar cepas pertenecientes a los géneros Streptomyces, Actinomyces, Rhodococcus y Actinomadura.Item Open Access Análisis del microbioma foliar de Physalis peruviana L afectado por Entyloma sp. en San José de Minas Ecuador(PUCE - Quito, 2024) Leon Mantilla, Aracely Salome; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaEn la Sierra ecuatoriana, la producción de uvilla (Physalis peruviana) es amenazada por enfermedades fúngicas, como la causada por el hongo Entyloma sp. que provoca manchas foliares que afectan su salud y rendimiento. La identificación tradicional del patógeno es compleja, por lo que se realizó un estudio metagenómico para caracterizar la diversidad microbiana asociada a estas lesiones foliares y verificar la presencia del fitopatógeno. La metodología consistió en la recolección de muestras de hojas afectadas en cultivos de la parroquia de San José de Minas, al noroccidente de Quito. Las muestras fueron transportadas en cadena de frío al laboratorio Biosequence donde se extrajo ADN utilizando kits especializados, y se analizaron mediante secuenciación de nueva generación (NGS), lo que permitió un análisis exhaustivo de las secuencias genéticas para determinar la presencia y abundancia de diferentes taxones fúngicos, utilizando algoritmos bioinformáticos avanzados. Los resultados revelaron que algunos géneros y especies de hongos patógenos y simbiontes coexisten en las hojas de uvilla con manchas foliares, siendo el género Entyloma uno de los que prevalecen y otros en menor proporción, además se encontró una proporción significativa de secuencias que no pudieron ser clasificadas, lo que sugiere la existencia de una diversidad microbiana que aún no es catalogada en las bases de datos actuales.Item Open Access Detección de Cronobacter sakazakii en leche cruda bovina proveniente de Machachi – Cantón Mejía(PUCE - Quito, 2024) Carrera Yánez, Santiago Nicolás; Santacruz Flores, Fernando RenéLa leche cruda es una de las industrias más importantes de la economía ecuatoriana y forma parte de la alimentación de un gran número de personas alrededor del mundo debido a su composición altamente nutritiva. Esto la hace un vector ideal para la proliferación de microorganismos patógenos hacia el ser humano. Cronobacter sakazakii es un patógeno oportunista principalmente relacionado a formula infantil e infecciones en infantes y personas inmunodeprimidas. El objetivo de este estudio fue describir la presencia o ausencia de Cronobacter sakazakii en muestras de leche cruda y determinar si se trata de un vehículo de propagación. Para esto se analizó 32 muestras bajo la normativa ISO 22964:2017 con ciertas modificaciones para la identificación por cultivo, y doce muestras sospechosas por Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR) para la detección molecular. No se logró aislar cepas de C. sakazakii a través del método dependiente de cultivo. Por otro lado, el gen gyrB amplificado por PCR reveló tres muestras positivas procedentes de tres haciendas ganaderas distintas. En definitiva, el procedimiento por PCR resultó ser una mejor opción para detectar la presencia de Cronobacter sakazakii en leche cruda. Sin embargo, la metodología no fue útil para determinar la viabilidad de las cepas identificadas. Finalmente, se concluyó que la leche cruda es susceptible a contaminación de C. sakazakii, y capaz de actuar como vector hacia el ser humano.Item Open Access Coinfecciones y sobreinfecciones bacterianas asociadas a hemocultivos y cultivo de secreciones respiratorias en pacientes COVID-19 positivo en la Unidad de Cuidados Intensivo(PUCE - Quito, 2024) Vargas León, Steven PatricioEn 2019, un evento desencadenó las alertas epidemiológicas de los sistemas de salud globales debido a la aparición de un nuevo coronavirus llamado SARS-CoV-2. Por su alto nivel de infectividad se propagó rápida y eficazmente por todo el mundo, dejando innumerables víctimas mortales. Si bien este virus presentó una alta tasa de mortalidad, es importante señalar que existió un factor trascendental que incrementó gravemente esta tasa. Esto se debió a la aparición de coinfecciones y sobreinfecciones bacterianas en pacientes hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI). Esta revisión tiene como objetivo recapitular el conocimiento sobre la presencia de coinfecciones y sobreinfecciones bacterianas en pacientes que estuvieron en UCI, cuyo compromiso fue a nivel respiratorio o que evolucionaron a un caso grave de sepsis. Así como la descripción de los principales agentes causales de estas coinfecciones y sobreinfecciones.Item Open Access Análisis de diferentes medios y condiciones de cultivo en la composición del fitoplancton, con énfasis en cianobacterias(PUCE - Quito, 2024) Ortega Montero, Ana Gabriela; Astorga García, DianaLas cianobacterias, también conocidas como algas azules-verdes, son un grupo de bacterias fotosintéticas. Además de servir como indicadoras de la calidad del agua, tienen gran valor en la industria alimenticia, ambiental y farmacológica por ser fuente de sustancias de interés biotecnológico. La distribución de estos microorganismos es de tipo cosmopolita, su forma de vida es planctónica o bentónica, prefieren ambientes dulceacuícolas de aguas alcalinas a neutras con temperaturas entre 15 a 30 oC. En este estudio, se pusieron a prueba diferentes condiciones de cultivo para favorecer el crecimiento de la mayor diversidad cianobacteriana y microalgal a partir de una muestra compuesta de fitoplancton de arrastre de 0.5 m de profundidad. Tras la identificación de los taxones presentes en la muestra de procedencia, se inocularon los organismos fitoplanctónicos en 48 tratamientos. Se probaron dos medios de cultivo, BG11 y BG110, en tres consistencias, líquida, sólida y semisólida, dos fotoperiodos (12:12 y 18:6), tres pH (6, 7 y 10) y, exclusivamente en los medios líquidos, se probó presencia y ausencia de aireación. No se registró ningún taxon cianobacteriano en la muestra de procedencia, ni logró desarrollarse ninguno a partir de células de resistencia como los acinetos. Sin embargo, las condiciones de experimentación ensayadas permitieron cultivar todas las microalgas fitoplanctónicas de origen en medio BG11 sólido y semisólido. La diversidad microalgal estuvo distribuida en tres filos, siete familias y 11 géneros, sin diferencia entre consistencias, pero con el pH ácido como condicionante clave para la salud del cuerpo de agua natural en el contexto de cambio climático. Por ahora, los taxones presentes dan cuenta de aguas relativamente claras, de baja eutrofización y poco afectadas por actividades humanas. En cuanto a las mejores condiciones para favorecer el crecimiento algal in vitro, sobresalieron particularmente el medio BG11 en estado sólido, fotoperiodo 12:12 y pH alcalino.Item Open Access Caracterización de la microbiota en el intestino de Panstrongylus chinai, insecto transmisor de la enfermedad de Chagas en el Sur de Ecuador(PUCE - Quito, 2024) Cadena Cárdenas, Matías Leonel; Villacís Salazar, Anita GabrielaChagas disease (CD) is caused by the Trypanosoma cruzi parasite and transmitted mainly by blood-sucking insects of the Triatominae subfamily. This disease is endemic in 21 countries in America, mainly in rural areas, but spreading to urban areas due to human mobility. Ecuador, present an incidence of 36 cases per 100,000 inhabitants per year and 16 species of triatomines were described. Panstrongylus chinai, is an secondary vector in Loja provinces, southern Ecuadorian Region. Insecticides has been used as the main way to control this disease, however, new strategies need to improve to prevent CD. The intestinal microbiota of insects can influence in the transmission of T. cruzi, for that reason the aim of this study is themolecular characterization of the gut bacterial microbiota of Panstrongylus chinai collected in three communities of Loja, Ecuador. For this, i) a total of 63 DUs were examined, of those 5 houses were infested (infestation index = 7.9 %) with 12 individuals of P. chinai. ii) A total 12 samples collected in the DUs and 50 individuals from laboratory colonies were analyzed for the bacterial composition. The intestine and DNA were extracted, performing molecular detection of T. cruzi by PCR and sequencing the bacterial 16S region. The results revealed the presence of T. cruzi in a field sample and the presence of Staphylococcus genus, with the species S. saprophyticus (75%) and S. equorum (25%). This study contributes to the understanding of the microbiota and open for further research to contribute to the control of 77 CD.Item Open Access Comparación de la técnica de concentración de Sheather y el método tradicional para la evaluación de parasitosis a partir de heces de perros de un hospital veterinario y centros de acogida de mascotas en la ciudad de Quito-Ecuador(PUCE - Quito, 2023) Masache Rivera, Steven Ismael; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaLas infecciones parasitarias intestinales en perros se presentan como un problema global desatendido en la actualidad. La mayoría de los patógenos que causan estas enfermedades son de carácter zoonótico, llegando a causar hasta 100 000 muertes de seres humanos al año. En Latinoamérica, la falta de condiciones de salubridad adecuadas, sistemas de vigilancia epidemiológica eficaces, así como ambientes y hospederos propicios para su desarrollo, favorecen su amplia distribución. En Quito, las parasitosis intestinales en caninos se presentan con frecuencia, donde se han identificado a Ancylostoma spp. y Toxocara spp. como los géneros predominantes. El principal método para el diagnóstico de estas infecciones consiste en realizar un examen coprológico que comprende técnicas efectivas para este fin. Con esto en mente, el objetivo del presente estudio fue comparar la técnica de concentración de Sheather y el método tradicional (solución salina-Lugol) para la evaluación de parasitosis en heces de perros. Se obtuvo un total de 60 muestras provenientes de un hospital veterinario y de refugios para mascotas en la ciudad de Quito. Las técnicas utilizadas permitieron la recuperación e identificación de distintas formas parasitarias (trofozoitos, huevos y quistes). Para la obtención de datos estadísticos se realizó un análisis descriptivo que comprendió: la comparación de ambas técnicas mediante la prueba de chi cuadrado; así como la determinación de la prevalencia de parasitosis en la población analizada mediante cálculos de porcentajes y frecuencias. Los resultados obtenidos revelaron la similitud entre parásitos encontrados mediante las dos técnicas utilizadas, donde el porcentaje de coincidencia fue de 76,56%, mientras que el porcentaje de no similitud fue de 23,44%. Cada técnica presenta limitaciones de detección, sin embargo, al emplearlas de manera conjunta en el análisis de una misma muestra los resultados arrojados aumentarán su fiabilidad. De este modo, resulta indispensable emplear técnicas efectivas en conjunto que permitan la detección eficaz de los agentes causales de parasitosis intestinales en perros con potencial zoonótico.Item Open Access Verificación de las condiciones microbiológicas del aire de la gerencia, recepción, tienda de mascotas, cafetería, peluquería, bodega y tres consultorios de atención de un hospital veterinario de la ciudad de Quito-Ecuador mediante técnicas de sedimentación en caja Petri de indicadores de contaminación(PUCE - Quito, 2023) Jiménez Madrid, Denis Steeven; Estrella Vásquez, Sonia MargaritaEl aire en interiores de edificios y ambientes cerrados es de gran importancia para los usuarios, porque las largas jornadas laborales en espacios cerrados sin una correcta ventilación pueden ocasionar que el ambiente de trabajo esté 10 veces más contaminado que el aire exterior. De manera que, el presente estudio planteo evaluar el proceso de desinfección de un hospital veterinario en Quito-Ecuador mediante el muestreo por sedimentación en cajas Petri de la gerencia, tienda de mascotas, cafetería, peluquería, bodega y tres consultorios de atención para determinar un límite de carga microbiana en cada lugar estipulado. Para esto, se realizó recuentos de UFC/15minutos de exposición de mesófilos aerobios, coliformes totales, mohos y levaduras en cada ambiente por cuatro fases. En la primera etapa se estimó la cantidad de microorganismos presentes en el ambiente laboral. Para proseguir con la segunda etapa, en donde se trató de disminuir la carga microbiológica determinada por los valores de la etapa anterior mediante un “Procedimiento Operativo Estándar” y acciones correctivas que mejoren el proceso de limpieza y desinfección del hospital veterinario. Para finalizar con una tercera etapa que respalde si el personal cumplía con las sugerencias al pasar el tiempo y se mantenía el recuento de los microorganismos extraídos en la segunda fase. Los recuentos de las etapas 1 y 2 se compararon mediante análisis estadísticos descriptivos, como resultado se rechazó la hipótesis nula en todos los ambientes a excepción de la tienda de mascotas. Como consecuencia se concluye que esto ocurrió por las remodelaciones del hospital veterinario, la fluctuación repentina de clientes y pacientes. Sin embargo, se estableció rangos propios de cada ambiente, logrando un ambiente sano para el personal, clientes y pacientes.Item Open Access Optimización de un protocolo de extracción de ADN a partir de sangre bovina hemolizada y coagulada para la detección molecular de Anaplasma spp.(PUCE - Quito, 2020) Landázuri Rafael, Tomás Humberto; Estrella Vásquez, Sonia MargaritaPara la detección molecular de Anaplasma spp. por PCR se requiere de la extracción de ADN eficiente a partir de sangre completa, lo que a su vez depende de la calidad de la muestra de sangre. La falta de capacitación en toma de muestra o su incorrecta conservación conllevan a la obtención de sangre hemolizada/coagulada. Esto dificulta la detección molecular del patógeno, limitando el alcance de una investigación. Para resolver el problema con este tipo de muestra, se adaptó un protocolo de Chelex-100 con modificaciones sobre el volumen de sangre y la purificación del ADN. Se extrajo ADN de 30 muestras de sangre bovina, hemolizada/coagulada, con el protocolo adaptado y dos kits comerciales de extracción de ADN. Se comparó la positividad por PCR de Anaplasma spp. en las muestras obtenidas, determinándose una buena concordancia de resultados entre los tres protocolos de extracción. Adicionalmente, se empleó el protocolo modificado para obtener ADN a partir de 109 muestras de sangre bovina hemolizada/coagulada. De estas, 64% fueron positivas por PCR para Anaplasma spp. El protocolo de Chelex-100 modificado es eficaz para la extracción de ADN a partir de sangre bovina, hemolizada y coagulada. El ADN obtenido con este protocolo permite la correcta detección molecular de Anaplasma spp. por PCR.Item Open Access Identificación del hongo fitopatógeno Phoma spp. aislado a partir de plantas de uvilla (Physalis peruviana L.) en localidades de zona norte y centro-norte de la serranía ecuatoriana(PUCE - Quito, 2020) Aguilar Armijos, Jaime Sebastián; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaLa uvilla (Physalis peruviana L.) es una fruta endémica de países andinos, cuyo consumo se asocia con varios beneficios para la salud humana. Su cultivo es afectado por una diversidad de patógenos, siendo Phoma spp. uno de los que mayor impacto económico causa. Este estudio pretendió reportar por primera vez la presencia del patógeno Phoma spp. en cultivos de uvilla en Ecuador y esperamos contribuya al establecimiento de un protocolo para su adecuada detección. Para esta investigación se realizaron muestreos en las provincias de Pichincha, Imbabura y Cotopaxi. Los aislados fúngicos obtenidos a partir de partes de plantas afectadas fueron caracterizados fenotípica y molecularmente. Esto incluyó la descripción macroscópica y microscópica de la colonia en plato Petri, la prueba de mancha con hidróxido de sodio (NaOH), la amplificación y secuenciación de los genes ITS y β-tubulina. Las secuencias nucleotídicas fueron comparadas con la base de datos del NCBI y se identificaron 10 cepas del hongo Boeremia exigua var. exigua (syn. Phoma exigua var. exigua). Finalmente, se realizó Postulados de Koch, procedimiento que confirmó que las cepas aisladas son agentes causales de muerte descendente en plantas de uvilla sanas.Item Open Access Revisión taxonómica de las serpientes tierreras Atractus del grupo iridescens Arteaga et al. 2017(PUCE - Quito, 2018) Mejía Guerrero, Mauricio Andrés; Torres Carvajal, Lenin OmarDebido a sus hábitos fosoriales, las serpientes del género Atractus son raramente registradas en trabajos de campo; en consecuencia, la mayoría son conocidas solamente de sus especímenes tipo, lo que limita el conocimiento sobre variación morfológica, ecología, historia natural, cambios ontogénicos, dimorfismo sexual y distribución. Esto ha generado problemas en la delimitación de especies en varios clados. En el presente estudio se analizó la taxonomía de uno de esos clados, el grupo de especies “Atractus iridescens”, el cual está compuesto por siete especies que se distribuyen en la zona occidental de Ecuador y Colombia. Analizamos los límites entre las especies utilizando tres metodologías: 1) caracterización morfológica usando lepidosis y medidas, 2) análisis filogenéticos utilizando los genes 16S, Cytb, ND4, CMOS, RAG1 y NT3, y 3) análisis de envoltura ambiental. Los resultados sugieren que: 1) existe dimorfismo sexual en las especies del grupo iridescens en la longitud rostro-cloacal, longitud de la cola, y número de escamas ventrales y subcaudales, 2) los caracteres de lepidosis y medidas tradicionales no pueden ser utilizados como caracteres diagnósticos para delimitar a las especies del grupo iridescens, 3) existe una especie candidata proveniente de Esmeraldas, 4) posiblemente A. microrhynchus, A. occidentalis y la población de A. dunni de Mindo representan una sola especie y 5) existe segregación ambiental en cuatro (A. cerberus, A. esepe, A. iridescens y A. microrhynchus) de las seis especies analizadas, mientras que dos especies (A. dunni y A. occidentalis) se encuentran en zonas con características ambientales similares.Item Open Access Trypanocidal activity of dermaseptins isolated from Agalychnis spurrelli (Anura: Hylidae) skin secretion(PUCE - Quito, 2021) Salazar Salazar, Mateo Alejandro; Rivera Íñiguez, Miryan RositaChagas disease (CD) is a serious health problem worldwide, affecting between 6 and 7 million people, especially in Latin America. This tropical disease, caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, can be asymptomatic during the acute phase (first two months of infection), while in the chronic phase irreversible damages to the heart and/or digestive system develop in 30-40% of those infected. The drugs currently used to treat CD are not always effective and they cause side effects that lead patients to abandon treatment; therefore, new therapeutic options are required. In this work, we evaluated the antiparasitic and cytotoxic activity of three antimicrobial peptides of the dermaseptins (DRS) family (DRS-SP2, DRS-SP4 and DRS-SP5) obtained from the cutaneous secretion of the frog Agalychnis spurrelli, against the trypomastigote and amastigote stages of T. cruzi, Tulahuen-β-gal strain, which express β-galactosidase. In conclusion, β- galactosidase activity measurements, oxidation-reduction of resazurin and electronic microscopy analysis confirmed that DRS-SP2, DRS-SP4 and DRS-SP5 are capable of lysing both, extracellular (IC50s 1.26, 2.31 and 19.0, respectively) and intracellular parasites (IC50s 5.85, 28.07 and 14.59, respectively), while the DRS-SP4 has the highest ratio (14.14) between parasite/host cell cytotoxicity.Item Open Access Determinación de puntos críticos de control en el proceso de elaboración artesanal de una bebida a base de chocho (Lupinus mutabilis Sweet) y su calidad microbiológica en producto final(PUCE - Quito, 2020) Cisneros Corrales, Jéssica Dayana; Granda Moreno, Elena IsabelEl chocho o tarwi (Lupinus mutabilis Sweet) es una leguminosa que se produce en la zona andina de América del Sur. Se caracteriza por su alto contenido de proteína, por lo que posee un alto valor nutricional. La bebida de chocho elaborada artesanalmente consiste en un proceso en el cual se obtiene el extracto acuoso del grano y al aumentar ingredientes como jarabe de jícama, cacao, carboximetilcelulosa (CMC) (estabilizante) y esencia de chocolate mejora el producto final tanto en sus condiciones sensoriales como nutricionales. Para el estudio, se determinó los puntos críticos de control (PCC) en el proceso de producción de esta bebida y se realizó un análisis microbiológico para determinar si la bebida es apta microbiológicamente o no para el consumo humano. Para obtener los PCC en el proceso de producción de la bebida de chocho se realizó un flujograma para determinar en base a un árbol de decisiones, cuáles fueron los puntos críticos de control. Se evaluó la calidad microbiológica de la bebida de chocho, aplicando la NTE INEN 2390:2004, que establece los parámetros específicos para el uso del chocho desamargado para el consumo humano. Este procedimiento se realizó utilizando Placas Petrifilm para determinar mesófilos aerobios, coliformes totales, mohos – levaduras, Escherichia coli y Staphylococcus aureus. Para el control de calidad de las Placas Petrifilm se utilizaron cepas ATCC en caldo BHI de Enterobacter aerogenes, Escherichia coli, y Staphylococcus aureus entregadas por docencia de la Carrera de Microbiología. Como resultado, se determinó que los puntos críticos de control en el proceso de producción de la bebida de chocho se encuentran en las etapas de escaldado y pasteurización. Por otro lado, el resultado del análisis microbiológico evidenció la ausencia de los microorganismos antes mencionados, lo que demuestra que la bebida cumple con los requisitos microbiológicos de acuerdo con la NTE INEN 2390:2004. En conclusión, la bebida de chocho como producto final analizada en este estudio, es apta microbiológicamente para el consumo humano; además la determinación de 2 puntos críticos de control en el proceso de producción.Item Open Access Propuesta de mejoramiento de suelos para su uso en huertos urbanos de agricultura orgánica(PUCE - Quito, 2022) Clavijo Andrade, Andrea Carolina; Luna Unda, Cecilia VerónicaLa baja disponibilidad de suelos adecuados para la agricultura ha comenzado afectar la producción de cultivos y alimentos de calidad. Son muchas las opciones sustentables que se plantean para mejorar estos suelos, sin embargo, la utilización de una sola no es suficiente. Es así como, en esta investigación se plantea utilizar inóculos microbianos que potencien a las fertilizaciones orgánicas comunes, para que exista un mejoramiento tanto en las condiciones del suelo como de la planta. En un cultivo de lechugas se aplicó una mezcla de fertilizante orgánico (Eco-Abonaza), minerales (K-Mag, cal agrícola y roca fosfórica) e inóculos de rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPR), constituido por Pseudomonas fluorescens y Azotobacter spp., y un inóculo micorrízico. Los inóculos se probaron por separado y en conjunto, con un testigo sin inóculo microbiano y un testigo absoluto. Se evaluó el peso fresco, altura y diámetro de las plantas, y el peso fresco y seco de la raíz, así se determinó que el tratamiento que presentó mayor efectividad fue aquel que contenía PGPRs.Item Open Access Determinación del perfil de sensibilidad antibiótica en Escherichia coli y Salmonella spp. aisladas de carne aviar en el Ecuador(PUCE - Quito, 2020) Villacís Jara, Carla Romina; Granda Moreno, Elena IsabelEn este estudio, 383 muestras de carne de pollo provenientes de plantas de faenamiento de 18 provincias del Ecuador durante el año 2019 fueron receptadas y analizadas para la detección de Salmonella spp. y E. coli, además de su sensibilidad o resistencia a 12 antibióticos por el método Kirby-Bauer y Concentración Inhibitoria Mínima (CIM) para colistina. Del total de muestras, se aislaron 20 cepas de Salmonella spp. y 148 de E. coli. Todos los aislados presentaron resistencia a al menos a un antibiótico. En su mayoría, las cepas de Salmonella spp. mostraron resistencia a cloranfenicol, gentamicina, amoxicilina, ampicilina, ceftriaxona, trimetoprim-sulfametoxazol y tetraciclina; mientras que E. coli a tetraciclina, ciprofloxacina, trimetoprim-sulfametoxazol, ampicilina y amoxicilina. El 77,2% de E. coli y 75% de Salmonella spp. fueron multirresistentes. La detección de Betalactamasas de Espectro Extendido (BLEE) por disco combinado indicó 33 cepas productoras de BLEE. No se detectó cepas de E.coli Enterohemorrágica (EHEC).Item Open Access Análisis in vitro del crecimiento de microalgas del fitoplancton en diferentes medios de cultivo y condiciones de incubación(PUCE - Quito, 2024) Núñez Alberca, Cecilia Coralía; Astorga García, DianaLa diversidad microalgal en ambientes lénticos es bioindicador del estado de los ecosistemas y la evaluación de diferentes escenarios puede facilitarse a través de su cultivo. Por ello, el objetivo de esta investigación fue evaluar la diversidad y el crecimiento microalgal de fitoplancton de agua dulce de 0.5 m de profundidad en medios de cultivo líquidos BBM y Nitrofoska, bajo fotoperiodo 12:12 o 18:6, pH 5-6, 7-9 o 9-11, con o sin aireación. Se hizo el recuento de taxones a lo largo de 24 días de un total de 1728 alícuotas de fitoplancton provenientes de 72 biorreactores. Se identificaron 11 taxones, de los que únicamente Comasiella arcuata., Staurastrum chaetoceras y Chlorococcum sp., por su plasticidad a las condiciones ambientales ensayadas, predominaron. Los demás desaparecieron inmediatamente o tuvieron una presencia discreta. Pudo destacarse como bioindicadores de eutrofización a Trachelomonas volvocina y Coelastrum sp., de bajo contenido de fósforo a Oocystis lacustris, Dinobryon divergens y Staurastrum chaetoceras, de enriquecimiento en nitratos a Octacanthium octocorne y Botryococcus braunni. y de eutrofización y acidez a Sphaerocystissp. Las mejores condiciones para mantener en cultivo al mayor número de taxones del medio natural fueron el medio BBM, bajo fotoperiodo de 18:6, pH 7-9 y aireación.