Tesis - Microbiología (Sin Restricción)
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Relative prevalence of delH69V70 among SARS-CoV-2 infected individuals during the initial Omicron wave in Ecuador(PUCE - Quito, 2023) Jaramillo Pérez, David Alejandro; Costales Cordero, Jaime AlfredoBackground: The SARS-CoV-2 transmission dynamics in Ecuador was profoundly affected by the arrival of the Omicron variant, whose high transmissibility allowed it to overtake the much more virulent Delta variant. The delH69V70 mutation, which is found in the Omicron 21K variant, allows the virus to spread efficiently in the population due to its capability of increase the tolerance of mutations related to the immune escape and improving the infection. Methods: Between December, 2021, and May 2022, 44,670 samples were analyzed for SARS-CoV-2 infection at the Pontificia Universidad Católica del Ecuador Molecular Diagnostic Laboratory (MLD-PUCE), in Quito, Ecuador. RNA remnants from 1,693 SARS-CoV-2 positive samples were further tested using sets of primers designed to discriminate the presence absence of five specific SARS-CoV-2 mutations (delH69V70, E484K, K417N, L452R and N501Y), which in turn allow for discrimination of six variants (Delta, Mu, Omicron 21K, Omicron 22A/22B, Omicron 21L and Omicron 22C). Results: Fifty SARS-CoV-2 positive samples did not display any of the mutations detectable with the qPCR testing scheme employed in the study. One-hundred sixty-two samples carried the Delta (L425R) mutation. Five of them carried the MU/GAMMA (N501Y/E484K) mutation pattern. Most of the studied samples (1,375) carried the delH69V70 mutation, suggestive of Omicron 21K. Eighty-five samples carried the N501Y and K417N mutations. Two samples carried delH69V70 and L452R mutations, and 8 of them carried the N501Y, K417N and L452R mutations. Discussion: Our results indicate that the arrival of the Omicron variant to Ecuador is associated with a sudden increase in cases between December 2021 and March 2022. Our data suggest Omicron replaced Delta as the predominant variant in the country in just 6 days (4 since it was first detected in MDL-PUCE). The prevalence of the Omicron variant among our dataset correlates well with data form the Ecuadorian Ministry of Health indicating a sharp increase of COVID-19 cases in the country. This investigation showcases the impact of Omicron´s transmissibility on the dynamics of COVID-19 in Ecuador.Item Open Access Caracterización fenotípica de microalgas y cianobacterias del perifiton de los ríos aportantes del embalse Succus(PUCE - Quito, 2025) Guapi Albán, Kimberly Elizabeth; Astorga García, DianaEl embalse Succus es un ecosistema acuático altoandino que provee de agua potable al Distrito Metropolitano de Quito. Se ve afectado directamente por el cambio climático, que provoca que las variables físicas, químicas y biológicas se desestabilicen y deriven en alteraciones en las comunidades microbianas y macroscópicas, su composición, fluctuaciones y tendencias. Con el objetivo de caracterizar fenotípicamente microalgas y cianobacterias del perifiton de los ríos aportantes de este embalse, para establecer una línea de base para el estudio de la composición de la comunidad microbiana fotosintética, la determinación biológica del estado trófico y su relación con la calidad de agua para consumo humano, se realizaron dos muestreos en dos tributarios en febrero y abril de 2021. Se tomaron muestras de sedimento, raspado de rocas y plantas nativas semisumergidas. Las muestras se examinaron bajo un microscopio óptico invertido. Se caracterizaron morfológicamente los microorganismos fotosintéticos presentes y se utilizaron claves taxonómicas para su clasificación. En paralelo, se obtuvieron tres cultivos monoalgales en medio BG11 sin nitrógeno, dos de cianobacterias (Anabaena y Nostoc) y una microalga (Chlamydomonas). En total, se identificaron 39 taxones distribuidos en los filos Charophyta, Cyanobacteria, Bacillariophyta, Chlorophyta y Euglenozoa. El 53,85% de las especies poseyeron estructuras adaptativas clave para la matriz en la que se desarrollan. Además, 51,3% de los taxones pudieron considerarse como bioindicadores del estado del ecosistema. Gracias a su presencia, se concluyó que el embalse se encuentra en transición entre la oligotrofía y la mesotrofía. Se recomendó un estudio sistemático de, al menos, seis meses en el que se detecte no solo la presencia/ausencia de taxones, sino también su abundancia y/o cobertura. Esto conduciría a una mejor comprensión de las fluctuaciones en la composición de la comunidad perifítica con relación a los parámetros ambientales, la previsión de posibles cambios y la implementación de medidas preventivas y/o paliativas, en función de los taxones que tiendan a dominar la comunidad perifítica y sus consecuencias para la calidad del agua.Item Open Access Evaluación de la efectividad del tratamiento con PIP/TZ en base a su CMI en pacientes ingresados en la UCI por shock séptico causado por bacilos Gram negativo aislados de hemocultivos: estudio observacional retrospectivo(PUCE - Quito, 2024) Garrido Ortiz, Dylan Esteban; Estrella Vásquez, Sonia MargaritaEn este estudio observacional retrospectivo se determinó la asociación entre la CMI de PIP/TZ y la supervivencia de pacientes ingresados a la UCI por shock séptico causado por BGN aislados de hemocultivos entre enero de 2021 y diciembre de 2023. El shock séptico es un problema de salud importante que afecta significativamente la morbilidad y mortalidad. Además, continúa siendo la principal causa de muerte por infección tanto en países desarrollados como en aquellos en vías de desarrollo. Este trabajo tiene como objetivo aportar información relevante que permita al médico intensivista dilucidar si el tratamiento con PIP/TZ, basado en la CMI, se convierte en una opción terapéutica favorable para el paciente crítico con shock séptico causado por BGN. Se consideró como población de estudio a todos los pacientes mayores de 18 años internados en la UCI de un hospital de segundo nivel en el norte de Quito que presentaron shock séptico causado por BGN. La recolección de información se realizó a partir de sus bases de datos. De 68 pacientes, 32 cumplieron los criterios. De ellos, el 81,2 % tenía CMI sensible, el 9,4 % tenía una CMI DSD y el 9,4 % tenía una CMI resistente. La mortalidad fue del 25 %, siendo Escherichia coli el BGN más común en los pacientes y las infecciones urinarias el foco más frecuente. La hipertensión y la diabetes fueron las comorbilidades más comunes. En conclusión, no se encontró un valor estadísticamente significativo en ninguna variable analizada en el estudio, ni se pudo predecir que una CMI de PIP/TZ más alta dentro del rango de susceptibilidad intermedia o susceptible tuviera una influencia significativa en el resultado de los pacientes con shock séptico causado por enterobacterias. Por ende, no se pudo determinar el éxito terapéutico en función de la Concentración Mínima Inhibitoria de Piperacilina/tazobactam.Item Open Access Brotes alimentarios por el consumo de carne de pollo en Ecuador(PUCE - Quito, 2025) Aguirre Maldonado, Verónica Alexandra; Astorga García, DianaLa carne de pollo es un alimento de alto valor nutricional y bajo costo, lo que la convierte en un componente esencial en la alimentación humana, especialmente en Ecuador, donde es uno de los productos más consumidos. Sin embargo, su consumo presenta riesgos asociados a enfermedades transmitidas por alimentos (ETAs), especialmente por la presencia de microorganismos patógenos como Salmonella spp., Listeria monocytogenes y Staphylococcus aureus. Estos patógenos representan un grave problema para la salud pública, ya que pueden causar enfermedades gastrointestinales. En Ecuador, la carne de pollo está entre los alimentos de mayor riesgo debido a la prevalencia de Salmonella, lo que aumenta el potencial de transmisión de ETAs. El objetivo principal de este estudio fue analizar los brotes alimentarios asociados al consumo de carne de pollo en Ecuador, evaluando los factores microbiológicos, las prácticas de manejo y las medidas de prevención implementadas. A través de una revisión bibliográfica, se investigaron los principales patógenos y factores de riesgo en el contexto ecuatoriano, así como los casos documentados de brotes alimentarios en los últimos 5-10 años. También se evaluaron las políticas de seguridad alimentaria y las prácticas de manejo y comercialización, con el fin de proponer recomendaciones para reducir la incidencia de estos brotes. Los hallazgos indican que la implementación de Buenas Prácticas de Manufactura (BPM) y el monitoreo sistemático en puntos de venta son fundamentales para mejorar la seguridad alimentaria y reducir los riesgos de contaminación microbiológica en la carne de pollo.Item Open Access Caracterización morfológica de aislados bacterianos provenientes de una piscina de petróleo de la amazonía ecuatoriana(PUCE - Quito, 2023) Tobar Cifuentes, Jonattan Daniel; Jara Negrete, Eliza NuitDentro de la diversidad microbiana existen varios microrganismos que tienen la capacidad de sobrevivir en ambientes con condiciones extremas de contaminación, como lo son las piscinas de petróleo. Estas piscinas tienen altas concentraciones de hidrocarburos, los cuales pueden afectar a la homeostasis de los microorganismos. Se tomaron muestras de la capa orgánica que recubre una de estas piscinas ubicada en la Amazonía ecuatoriana, para aislar bacterias e interpretar sus características morfológicas y fisiológicas a fin de identificar si pertenecen al filo Actinomycetota. Los aislados previamente purificados fueron cultivados en diferentes medios sólidos y líquidos, a niveles de pH entre 1,8 a 12, con una única fuente de carbono proveniente de diversos carbohidratos, a fin de obtener información de sus características físicas y metabólicas. Como resultado, se observó que la mayoría de las cepas prestaron características morfológicas tanto macroscópicas como microscópicas similares que coinciden con aquellas del filo Actinomycetota. Las cepas EC 17 y EC19 fueron las únicas que no presentaron esporulación. Se encontró que cinco cepas fueron capaces de producir pigmento melanoide. Por otra parte, todas cepas tienen la capacidad de crecer en niveles de pH desde 4 hasta 10, y la mayoría llegaron a utilizar al menos un carbohidrato estudiado, siendo así que la cepa EC13 tiene la capacidad para utilizar todos los carbohidratos estudiados. Teniendo en cuenta estas características, se las comparó con la literatura referente a actinobacterias de suelos contaminados con hidrocarburos y con las descripciones del Manual de Bergey, con lo que se logró identificar cepas pertenecientes a los géneros Streptomyces, Actinomyces, Rhodococcus y Actinomadura.Item Open Access Análisis del microbioma foliar de Physalis peruviana L afectado por Entyloma sp. en San José de Minas Ecuador(PUCE - Quito, 2024) Leon Mantilla, Aracely Salome; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaEn la Sierra ecuatoriana, la producción de uvilla (Physalis peruviana) es amenazada por enfermedades fúngicas, como la causada por el hongo Entyloma sp. que provoca manchas foliares que afectan su salud y rendimiento. La identificación tradicional del patógeno es compleja, por lo que se realizó un estudio metagenómico para caracterizar la diversidad microbiana asociada a estas lesiones foliares y verificar la presencia del fitopatógeno. La metodología consistió en la recolección de muestras de hojas afectadas en cultivos de la parroquia de San José de Minas, al noroccidente de Quito. Las muestras fueron transportadas en cadena de frío al laboratorio Biosequence donde se extrajo ADN utilizando kits especializados, y se analizaron mediante secuenciación de nueva generación (NGS), lo que permitió un análisis exhaustivo de las secuencias genéticas para determinar la presencia y abundancia de diferentes taxones fúngicos, utilizando algoritmos bioinformáticos avanzados. Los resultados revelaron que algunos géneros y especies de hongos patógenos y simbiontes coexisten en las hojas de uvilla con manchas foliares, siendo el género Entyloma uno de los que prevalecen y otros en menor proporción, además se encontró una proporción significativa de secuencias que no pudieron ser clasificadas, lo que sugiere la existencia de una diversidad microbiana que aún no es catalogada en las bases de datos actuales.Item Open Access Detección de Cronobacter sakazakii en leche cruda bovina proveniente de Machachi – Cantón Mejía(PUCE - Quito, 2024) Carrera Yánez, Santiago Nicolás; Santacruz Flores, Fernando RenéLa leche cruda es una de las industrias más importantes de la economía ecuatoriana y forma parte de la alimentación de un gran número de personas alrededor del mundo debido a su composición altamente nutritiva. Esto la hace un vector ideal para la proliferación de microorganismos patógenos hacia el ser humano. Cronobacter sakazakii es un patógeno oportunista principalmente relacionado a formula infantil e infecciones en infantes y personas inmunodeprimidas. El objetivo de este estudio fue describir la presencia o ausencia de Cronobacter sakazakii en muestras de leche cruda y determinar si se trata de un vehículo de propagación. Para esto se analizó 32 muestras bajo la normativa ISO 22964:2017 con ciertas modificaciones para la identificación por cultivo, y doce muestras sospechosas por Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR) para la detección molecular. No se logró aislar cepas de C. sakazakii a través del método dependiente de cultivo. Por otro lado, el gen gyrB amplificado por PCR reveló tres muestras positivas procedentes de tres haciendas ganaderas distintas. En definitiva, el procedimiento por PCR resultó ser una mejor opción para detectar la presencia de Cronobacter sakazakii en leche cruda. Sin embargo, la metodología no fue útil para determinar la viabilidad de las cepas identificadas. Finalmente, se concluyó que la leche cruda es susceptible a contaminación de C. sakazakii, y capaz de actuar como vector hacia el ser humano.Item Open Access Coinfecciones y sobreinfecciones bacterianas asociadas a hemocultivos y cultivo de secreciones respiratorias en pacientes COVID-19 positivo en la Unidad de Cuidados Intensivo(PUCE - Quito, 2024) Vargas León, Steven PatricioEn 2019, un evento desencadenó las alertas epidemiológicas de los sistemas de salud globales debido a la aparición de un nuevo coronavirus llamado SARS-CoV-2. Por su alto nivel de infectividad se propagó rápida y eficazmente por todo el mundo, dejando innumerables víctimas mortales. Si bien este virus presentó una alta tasa de mortalidad, es importante señalar que existió un factor trascendental que incrementó gravemente esta tasa. Esto se debió a la aparición de coinfecciones y sobreinfecciones bacterianas en pacientes hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI). Esta revisión tiene como objetivo recapitular el conocimiento sobre la presencia de coinfecciones y sobreinfecciones bacterianas en pacientes que estuvieron en UCI, cuyo compromiso fue a nivel respiratorio o que evolucionaron a un caso grave de sepsis. Así como la descripción de los principales agentes causales de estas coinfecciones y sobreinfecciones.Item Open Access Análisis de diferentes medios y condiciones de cultivo en la composición del fitoplancton, con énfasis en cianobacterias(PUCE - Quito, 2024) Ortega Montero, Ana Gabriela; Astorga García, DianaLas cianobacterias, también conocidas como algas azules-verdes, son un grupo de bacterias fotosintéticas. Además de servir como indicadoras de la calidad del agua, tienen gran valor en la industria alimenticia, ambiental y farmacológica por ser fuente de sustancias de interés biotecnológico. La distribución de estos microorganismos es de tipo cosmopolita, su forma de vida es planctónica o bentónica, prefieren ambientes dulceacuícolas de aguas alcalinas a neutras con temperaturas entre 15 a 30 oC. En este estudio, se pusieron a prueba diferentes condiciones de cultivo para favorecer el crecimiento de la mayor diversidad cianobacteriana y microalgal a partir de una muestra compuesta de fitoplancton de arrastre de 0.5 m de profundidad. Tras la identificación de los taxones presentes en la muestra de procedencia, se inocularon los organismos fitoplanctónicos en 48 tratamientos. Se probaron dos medios de cultivo, BG11 y BG110, en tres consistencias, líquida, sólida y semisólida, dos fotoperiodos (12:12 y 18:6), tres pH (6, 7 y 10) y, exclusivamente en los medios líquidos, se probó presencia y ausencia de aireación. No se registró ningún taxon cianobacteriano en la muestra de procedencia, ni logró desarrollarse ninguno a partir de células de resistencia como los acinetos. Sin embargo, las condiciones de experimentación ensayadas permitieron cultivar todas las microalgas fitoplanctónicas de origen en medio BG11 sólido y semisólido. La diversidad microalgal estuvo distribuida en tres filos, siete familias y 11 géneros, sin diferencia entre consistencias, pero con el pH ácido como condicionante clave para la salud del cuerpo de agua natural en el contexto de cambio climático. Por ahora, los taxones presentes dan cuenta de aguas relativamente claras, de baja eutrofización y poco afectadas por actividades humanas. En cuanto a las mejores condiciones para favorecer el crecimiento algal in vitro, sobresalieron particularmente el medio BG11 en estado sólido, fotoperiodo 12:12 y pH alcalino.Item Open Access Caracterización de la microbiota en el intestino de Panstrongylus chinai, insecto transmisor de la enfermedad de Chagas en el Sur de Ecuador(PUCE - Quito, 2024) Cadena Cárdenas, Matías Leonel; Villacís Salazar, Anita GabrielaChagas disease (CD) is caused by the Trypanosoma cruzi parasite and transmitted mainly by blood-sucking insects of the Triatominae subfamily. This disease is endemic in 21 countries in America, mainly in rural areas, but spreading to urban areas due to human mobility. Ecuador, present an incidence of 36 cases per 100,000 inhabitants per year and 16 species of triatomines were described. Panstrongylus chinai, is an secondary vector in Loja provinces, southern Ecuadorian Region. Insecticides has been used as the main way to control this disease, however, new strategies need to improve to prevent CD. The intestinal microbiota of insects can influence in the transmission of T. cruzi, for that reason the aim of this study is themolecular characterization of the gut bacterial microbiota of Panstrongylus chinai collected in three communities of Loja, Ecuador. For this, i) a total of 63 DUs were examined, of those 5 houses were infested (infestation index = 7.9 %) with 12 individuals of P. chinai. ii) A total 12 samples collected in the DUs and 50 individuals from laboratory colonies were analyzed for the bacterial composition. The intestine and DNA were extracted, performing molecular detection of T. cruzi by PCR and sequencing the bacterial 16S region. The results revealed the presence of T. cruzi in a field sample and the presence of Staphylococcus genus, with the species S. saprophyticus (75%) and S. equorum (25%). This study contributes to the understanding of the microbiota and open for further research to contribute to the control of 77 CD.Item Open Access Comparación de la técnica de concentración de Sheather y el método tradicional para la evaluación de parasitosis a partir de heces de perros de un hospital veterinario y centros de acogida de mascotas en la ciudad de Quito-Ecuador(PUCE - Quito, 2023) Masache Rivera, Steven Ismael; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaLas infecciones parasitarias intestinales en perros se presentan como un problema global desatendido en la actualidad. La mayoría de los patógenos que causan estas enfermedades son de carácter zoonótico, llegando a causar hasta 100 000 muertes de seres humanos al año. En Latinoamérica, la falta de condiciones de salubridad adecuadas, sistemas de vigilancia epidemiológica eficaces, así como ambientes y hospederos propicios para su desarrollo, favorecen su amplia distribución. En Quito, las parasitosis intestinales en caninos se presentan con frecuencia, donde se han identificado a Ancylostoma spp. y Toxocara spp. como los géneros predominantes. El principal método para el diagnóstico de estas infecciones consiste en realizar un examen coprológico que comprende técnicas efectivas para este fin. Con esto en mente, el objetivo del presente estudio fue comparar la técnica de concentración de Sheather y el método tradicional (solución salina-Lugol) para la evaluación de parasitosis en heces de perros. Se obtuvo un total de 60 muestras provenientes de un hospital veterinario y de refugios para mascotas en la ciudad de Quito. Las técnicas utilizadas permitieron la recuperación e identificación de distintas formas parasitarias (trofozoitos, huevos y quistes). Para la obtención de datos estadísticos se realizó un análisis descriptivo que comprendió: la comparación de ambas técnicas mediante la prueba de chi cuadrado; así como la determinación de la prevalencia de parasitosis en la población analizada mediante cálculos de porcentajes y frecuencias. Los resultados obtenidos revelaron la similitud entre parásitos encontrados mediante las dos técnicas utilizadas, donde el porcentaje de coincidencia fue de 76,56%, mientras que el porcentaje de no similitud fue de 23,44%. Cada técnica presenta limitaciones de detección, sin embargo, al emplearlas de manera conjunta en el análisis de una misma muestra los resultados arrojados aumentarán su fiabilidad. De este modo, resulta indispensable emplear técnicas efectivas en conjunto que permitan la detección eficaz de los agentes causales de parasitosis intestinales en perros con potencial zoonótico.Item Open Access Acción in vitro de Trichoderma spp. y Bacillus spp. como controladores biológicos conjuntos contra Fusarium oxysporum en uvilla (Physalis peruviana), ecotipo colombiano, en la sierra norte y centro del Ecuador.(PUCE - Quito, 2018) Silva Guachamín, Alexander David; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaLa uvilla (Physalis peruviana) ha logrado espacio en el mercado ecuatoriano, llegando a convertirse en la fuente principal de ingresos de muchas familias en la serranía. Uno de los principales problemas en la producción es el marchitamiento vascular, generado por el complejo fúngico del fitopatógeno Fusarium oxysporum. El control de esta enfermedad usando fungicidas es ineficaz y puede afectar la calidad del fruto. El objetivo de este estudio es el aislamiento, identificación morfológica, molecular y detección de actividad antagonista de Trichoderma spp. y Bacillus como alternativas biológicas conjuntas para controlar a Fusarium oxysporum en ensayos in vitro. Se muestrearon 12 localidades productoras de uvilla pertenecientes a las provincias de Pichincha, Tungurahua, Cotopaxi e Imbabura. Un total de 252 muestras de suelo fueron recolectadas y procesadas. Se obtuvieron 25 aislados de Trichoderma spp. y 36 de Bacillus spp. identificadas por su morfología macro y microscópica. Después de la extracción de ADN de los aislados, se realizó la PCR usando los primers ITS 1 y 4 para los hongos, y para las bacterias se utilizó los primers PA forward y PH reverse dirigidos al gen 16s rRNA. Por medio de un screening de antagonismo para Bacillus, se escogieron previamente 10 aislados, 6 con antagonismo medio y 4 con antagonismo positivo. Las cepas escogidas fueron identificadas molecularmente como Bacillus subtilis y Bacillus cereus. Mediante las pruebas de antagonismo individual de Trichoderma se eligieron 7 aislados de diferente especie con porcentajes de inhibición superior al 50%. Se probó la compatibilidad de los microorganismos elegidos de forma conjunta en platos Petri con PDA . Las cepas de Bacillus cereus presentaron compatibilidad mientras que las cepas de Bacillus subtilis no. En total se obtuvieron 14 combinaciones con Trichoderma. La compatibilidad y viabilidad de ambos microorganismos fue comprobada por medio de microscopia y siembra del crecimiento micelial. Las pruebas de antagonismo conjunto entre cepas compatibles de Bacillus spp. y Trichoderma spp contra Fusarium oxysporum presentaron porcentajes de inhibición superiores a los obtenidos de forma individual. Los resultados exitosos plantean nuevas pruebas conjuntas a nivel de invernadero y campo así como aplicaciones individuales de todos los microorganismos encontrados en este estudio por su destacable potencial antagonista.Item Open Access Determinación de la productividad y selectividad de las placas PetrifilmTM Aqua de 3MTM para recuento de coliformes en agua potable proveniente de la Empresa Pública Metropolitana de Agua Potable y Saneamiento(PUCE - Quito, 2017) Acosta Duque, Cynthia Carolina; Valencia Ramos, Eddie Raúl; Granda Moreno, Elena IsabelEl agua es un recurso vital para todos los seres que habitan el planeta, para el ser humano el agua de consumo debe ser potable. La verificación de la calidad microbiológica del agua se realiza mediante análisis microbiológicos, los cuales pueden ser laboriosos, costosos y el volumen de muestra analizado es poco. Las placas PetrifilmTM Aqua de 3MTM son una alternativa útil para el trabajo diario en los laboratorios encargados del análisis de agua, dichas placas han sido validadas únicamente para su uso en agua embotellada por esta razón el presente estudio busca evaluar la productividad y selectividad de las placas PetrifilmTM Aqua de 3MTM para recuento de coliformes en agua potable proveniente de la EPMAPS. El estudio se llevó a cabo mediante la comparación de la técnica de placas PetrifilmTM Aqua y el método estandarizado. Con el fin de evaluar la productividad y selectividad las muestras fueron inoculadas con una cantidad conocida de microorganismos, aquellos utilizados fueron E. coli ATCC 25922 y Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853. Adicionalmente se investigó la capacidad de dichas placas para diferenciar entre coliformes fecales y totales únicamente variando la temperatura de incubación, para ello se utilizó un inóculo con E. coli ATCC 25922 y Enterobacter aerogenes ATCC 13048. Los resultados obtenidos fueron analizados mediante la prueba t de student, en ellos se puede apreciar que P. aeruginosa no se desarrolló en ninguno de los dos métodos, lo cual demuestra la selectividad de las placas PetrifilmTM Aqua de 3MTM para recuento de coliformes, además la comparación estadística de los recuentos obtenidos de E. coli demuestran que la diferencia entre ambos métodos no es significativa. En cuanto a la capacidad de diferenciar entre coliformes fecales y totales únicamente variando la temperatura de incubación se determinó que las placas PetrifilmTM Aqua son comparables con el método tradicional al recuperar coliformes termotolerantes, en este caso representados por E. coli. Sin embargo, la temperatura afecta el crecimiento del resto de coliformes totales, por lo cual se aprecia el crecimiento de colonias que no cumplen con las especificaciones en las placas PetrifilmTM Aqua. Se puede concluir de este estudio que las placas PetrifilmTM Aqua de 3MTM para recuento de coliformes tienen una buena productividad y selectividad al ser utilizadas en la matriz agua potable.Item Open Access Detección de Fusarium oxysporum en cultivos de uvilla (Physalis peruviana L.) en la Sierra norte y centro del Ecuador(PUCE - Quito, 2018) Arellano Solórzano, Martín Josué; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaLa uvilla (Physalis peruviana) es un producto con emergente importancia económica para el Ecuador. Sin embargo, los estudios sobre patógenos que afectan a dicho cultivo en el país son contados. Por dicha razón, el presente estudio tiene como objetivo determinar la presencia de Fusarium oxysporum, causante de la marchitez vascular, en las provincias de la Sierra centro y norte del Ecuador, puesto que a futuro puede ser un gran problema fitosanitario como lo ha sido ya en países productores de uvilla. Para esto, se visitaron cultivos y se tomaron muestras de plantas que presentaban sintomatología similar al marchitamiento vascular. A partir de las muestras, se obtuvieron doce hongos con morfología similar a Fusarium, en medio de cultivo Agar Papa Dextrosa. Mediante la observación macro y microscópica de los hongos obtenidos, se realizó la identificación a nivel de género. Se extrajo el ADN de los aislados y se realizó PCR de cuatro genes: Espaciador Transcrito Interno (ITS), Citocromo Oxidasa 1 (COX1), Factor de Elongación - 1α (EF - 1α) y β - Tubulina para la identificación a nivel de especie. Los amplicones fueron secuenciados. Doce aislados fueron identificados como Fusarium oxysporum mediante BLAST. A los hongos se les realizaron cultivos monospóricos para posteriormente aplicar postulados de Koch en plántulas de uvillas libres de patógenos y de microorganismos benéficos para que no se vea afectado el experimento. Al cabo de tres semanas, se observaron los síntomas (amarillamiento y marchitamiento en hojas, reducción del tamaño de la planta, debilidad y necrosis del tallo). En total se recuperaron nueve aislados que provocaron marchitamiento vascular en las plántulas. Los postulados de Koch fueron completados con éxito, por lo tanto, se logró detectar por primera vez a F. oxysporum como el agente causal de la marchitez vascular en plantas de uvilla en la Sierra centro y norte del Ecuador.Item Open Access Propuesta de un Sistema de Gestión Documental basado en la NTE INEN-ISO/IEC 17025:2018 para laboratorios de docencia universitaria de la carrera de Microbiología de la Pontificia Universidad Católica del Ecuador(PUCE - Quito, 2022) Aldaz Novoa, Lesly Vanessa; Granda Moreno, Elena IsabelUn Sistema de Gestión Documental (SGD) se encarga de almacenar, administrar, clasificar y controlar la información de una institución; brindando así el acceso necesario a los empleados de forma eficiente y sencilla. Las primeras teorías administrativas se desarrollaron a inicios del siglo XX, para luego dar paso a la Gestión de Archivos Administrativos y Registros Organizacionales en los años 70 y 80 por la Sociedad Industrial, debido al incremento y diversificación entre las empresas y/u organizaciones. La organización de la documentación es imprescindible para el desarrollo de todas las actividades en un laboratorio. Las universidades cuentan con laboratorios que permiten a estudiantes y docentes, realizar prácticas en diferentes asignaturas a lo largo de su carrera; no obstante, cuando dichas prácticas son ejecutadas, no existe un método de gestión de la información generada, lo que origina perdidas y falta de control. La presente investigación tiene como finalidad, elaborar una propuesta de Sistema de Gestión Documental basada en la norma NTE INEN-ISO/IEC 17025:2018 en laboratorios de docencia universitaria de la carrera de Microbiología en la Pontificia Universidad Católica del Ecuador. Es así, que en el capítulo I se detallan algunas definiciones importantes, como son: en calidad, sus mayores exponentes, Sistemas de Gestión, bases teóricas y legales, instituciones ecuatorianas que regulan la calidad de los procesos, productos y servicios al promover el desarrollo en base a normas internacionales. El capítulo II, describe generalidades de la Sala de Preparaciones, así como el diseño de la investigación, las fases de la metodología, la utilización de herramientas y estrategias para realizar un diagnóstico situacional, recolección y procesamiento de la información. En el capítulo III se determinó el porcentaje de cumplimiento de los requisitos, de acuerdo con la norma NTE INENISO/IEC 17025:2018. En tanto que el capítulo IV, presenta una propuesta para la implementación mediante políticas, procedimientos y formatos de registros faltantes que son la base de un Sistema de Gestión Documental, donde incluso, se explica el cronograma de actividades para una futura implementación. En el caso, de ser aprobada dicha propuesta por las autoridades correspondientes, se implementará el Sistema de Gestión Documental, de acuerdo con las directrices sugeridas.Item Open Access Identificación serológica y molecular del virus del mosaico rugoso PVX en cultivos de Physalis peruviana de la Sierra centro norte del Ecuador(PUCE - Quito, 2019) Andrade Beltrán, Luis Fernando; Yánez Altuna, Jeniffer MarcelaEn los últimos años la exportación de cultivos orgánicos se ha incrementado, entre ellos destaca la uvilla (Physalis peruviana), fruta apreciada en otros países por su sabor y su alto contenido de antioxidantes. Sin embargo, como todo cultivo es susceptible al ataque de patógenos. Las enfermedades ocasionadas por microorganismos, especialmente por virus son poco estudiadas en el país y la información es escasa. El presente estudio busca determinar la presencia del Potato virus X (PVX) o virus X de la papa, causante del mosaico rugoso en hojas de uvilla. Diez fincas fueron visitadas en la región sierra centro norte del país, donde se tomaron hojas que presentaban síntomas típicos de virosis, clorosis, mosaico y enrollamiento. Las hojas fueron transportadas al Laboratorio de Fitopatología de AGROCALIDAD en Tumbaco, para verificar la presencia del virus. Se realizó una detección serológica usando ImmunoStrip® y la prueba DAS-ELISA de la compañía Agdia®, las cuales fueron positivas para el virus en dos fincas. La técnica RT-qPCR, también confirmó la presencia del virus y al analizar la curva de fusión (melt) se identificaron dos variantes del virus. Los amplicones obtenidos fueron enviados a secuenciar y fueron identificados así también, como PVX. Finalmente, para verificar que el virus obtenido es el agente causal del mosaico rugoso en plantas de uvilla, se realizaron postulados de Koch. después de 15 días de la infección, síntomas similares aparecieron y mediante ensayos posteriores se demostró que PVX es el agente causal del mosaico rugoso en uvilla, siendo el primer registro en Ecuador.Item Open Access Detección de Cronobacter spp. en especias a granel en polvo de tres mercados de Quito(PUCE - Quito, 2021) Barriga Bermeo, Nicol Carolina; Santacruz Flores, Fernando RenéLas especias son ingredientes imprescindibles en la gastronomía del Ecuador, se caracterizan por mejorar el sabor, el olor y el color de las comidas; sin embargo, pueden presentar contaminación por microorganismos patógenos. El objetivo del estudio fue determinar la presencia de Cronobacter spp. en especias expendidas en tres mercados de Quito para una futura prevención de enfermedades transmitidas por alimentos. Se empleó la metodología microbiológica basada en la ISO 22964:2017 para la detección de esta bacteria y se utilizó el CLSI 2019 para la prueba de susceptibilidad antimicrobiana. De acuerdo con los resultados obtenidos el 80 % de las especias contenían este microorganismo con mayor presencia en pimienta negra y comino, al contrario del achiote y canela. La metodología microbiológica identificó 16 cepas de C. sakazakii y una C. dublinensis; esta técnica presentó sensibilidad (50 %) y especificidad baja (33,33 %). Las cepas de C. sakazakii mostraron sensibilidad antibiótica a todos los fármacos empleados. La investigación concluye que C. sakazakii está presente en especias como un contaminante que representaría un riesgo para la inocuidad alimentaria en Quito, este patógeno emergente puede ocasionar enfermedades infecciosas, por lo que su identificación y tratamiento oportuno es primordial.Item Open Access Evaluación de la actividad antibacteriana de extractos de cianobacterias y microalgas aisladas de páramos ecuatorianos frente a cepas de Staphylococcus aureus y Escherichia coli(PUCE - Quito, 2020) Mena Aguirre, Diego Andrés; Portero Pico, Carolina ElizabethLa resistencia bacteriana es un problema creciente que afecta a la población mundial, siendo Staphylococcus aureus y Escherichia coli, bacterias que presentan frecuentemente resistencias a antibióticos. En el Ecuador estos microorganismos han presentado perfiles inusuales de resistencia, incrementando la mortalidad causada por estos patógenos. Debido a esto, es fundamental la búsqueda de nuevas fuentes de antibióticos, siendo las microalgas provenientes de páramos muy prometedoras, pues se ha visto que climas extremos favorecen la producción de moléculas bioactivas. En el presente estudio se obtuvieron extractos crudos a partir de la microalga Chlorococcum sp. para analizar sus actividades antimicrobianas. Se determinó el efecto de siete factores en la metodología de extracción para optimizar el protocolo y obtener un mayor número de moléculas potencialmente antimicrobianas. De los siete factores examinados solo el procesamiento inicial (masa seca vs. masa húmeda con inactivación) produjo diferencias significativas en el número de moléculas obtenidas. Los extractos no inhibieron el crecimiento de E. coli, mientras que para S. aureus si hubo efecto inhibitorio de 26, 19%. Se evaluaron seis cepas resistentes de S. aureus, de las cuales una, que presenta resistencia intermedia a la clindamicina, fue inhibida por el extracto. Esta investigación es una base para posteriores estudios de las propiedades antimicrobianas de microalgas.Item Open Access Degradación de hidrocarburos con hongos micorrízicos arbusculares Rhizophagus irregularis y una cepa nativa proveniente de la Amazonía Ecuatoriana asociados a pasto RyeGrass (Lolium multiflorum)(PUCE - Quito, 2019) Mogrovejo Arias, Mónica Patricia; Luna Unda, Cecilia VerónicaLos Hongos Micorrízicos Arbusculares (HMA) son simbiontes obligados del 72% de las plantas vasculares y tienen un importante rol para mejorar la biodegradación de hidrocarburos. Los objetivos de este trabajo fueron, en primer lugar, demostrar el establecimiento de la relación micorrízica entre los HMA inoculados y la planta de pasto RyeGrass (Lolium multiflorum) en presencia de hidrocarburos; en segundo lugar, determinar el nivel de degradación de los hidrocarburos en un sustrato contaminado artificialmente usando plantas de pasto inoculadas con un HMA nativo de la Amazonía Ecuatoriana o con un HMA modelo Rhizophagus irregularis, y, finalmente, cuantificar la presencia de microflora acompañante en el sustrato al final del ensayo. El sustrato utilizado fue roca volcánica con compost esterilizado al que se añadió 5% de crudo. El ensayo duró 34 semanas y consistió en tres tratamientos, el primero “T” con un inóculo nativo de HMA aislado de piscinas petroleras de la Amazonía ecuatoriana; el segundo “R” con Rhizophagus irregularis y el tercero “CN” con plantas en sustrato contaminado y sin HMA. Los datos se analizaron con T student, ANOVA y prueba de Tukey. La colonización de las raíces de los tratamientos T y R fue escasa, sin embargo, el recuento de esporas en 10 gramos de sustrato aumentó de 4 a 115 esporas (en T) y de 4 a 64 esporas (en R) al final del estudio, lo que demostró la viabilidad de los HMA. El resultado de la escasa colonización pudo deberse a diversas razones como efectos adversos del crudo sobre la planta y los HMA, su correspondiente afinidad, la falta de una pre-micorrización de las raíces, y el crecimiento lento de los inóculos de HMA utilizados. El tratamiento R mostró mayor grado de biorremediación en los índices “C17/pristano y “C18/fitano” (p<0.01, en ambos casos) y en porcentajes de degradación de pristano y fitano R y CN fueron igual de efectivos (p<0.01, en ambos casos). Esto coincide con estudios previos que mostraron que R. irregularis es muy efectivo para mejorar el grado de biorremediación. La alta efectividad de CN pudo deberse a que establecer la simbiosis micorrízica representa un costo energético elevado para la planta, por lo tanto, las plantas sin inóculo canalizaron su energía en la degradación de hidrocarburos en lugar de en el establecimiento de la simbiosis. Se determinó la presencia de microflora acompañante en el sustrato al final del ensayo sin diferencias significativas entre ellos.Item Open Access Determinación de las condiciones para producción de mucopolisacáridos por aislados de Azotobacter provenientes de suelos arcillosos contaminados con hidrocarburos de la región amazónica(PUCE - Quito, 2020) Molina Solis, Galo Nicolás; Luna Unda, Ceciia VerónicaLa Amazonía Ecuatoriana es la región más afectada por derrames de petróleo, siendo los suelos arcillosos uno de los más comprometidos. Los derrames en suelos arcillosos son un grave problema, debido a que se compacta y limita la aireación, dificultando su biorremediación. Debido a esta problemática, en el presente trabajo se estudió Azotobacter spp., una bacteria del suelo que produce compuestos extracelulares, que incrementan la porosidad y estructura del suelo, aisladas de suelos contaminados por hidrocarburos o en proceso de biorremediación. Sé obtuvieron cuatro aislados: tres identificados como Azotobacter chrocooccum y uno comoAzotobacter vinelandii. Se determinaron las condiciones nutricionales que favorecen la producción de exopolisacáridos (EPS). Al evaluar la fuente de carbono, se determinó que la melaza y la sacarosa favorecen la producción de EPS. En cuanto a las sales de magnesio y nitrógeno, depende del aislado. Estos resultados corroboran el potencial uso de esta bacteria cultivada en condiciones específicas para la agregación del suelo.