Tesis - Maestría en Biología Computacional

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https://repositorio.puce.edu.ec/handle/123456789/540

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Browsing Tesis - Maestría en Biología Computacional by Subject "Análisis filogenético"

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    Caracterización por secuenciación de genoma completo de aislados clínicos de Candida tropicalis provenientes de un hospital de tercer nivel ubicado en Guayaquil
    (PUCE - Quito, 2025) Almeida Aguilar, Stephania Susana; Flores Flor, Francisco Javier
    Candida tropicalises una especie patógena oportunista causante de infecciones nosocomiales. En los últimos años se ha presentado un aumento en los casos de candidiasis invasiva provocada por esta levadura. El objetivo de este estudio fue caracterizar por secuenciación de genoma completo (WGS) aislados clínicos de C. tropicalis provenientes de un hospital de tercer nivel ubicado en Guayaquil. Se identificaron las muestras mediante análisis filogenético de la región conservada ITS, usando la base de datos PubMLST se generaron perfiles alélicos para cada una de ellas y se detectaron mutaciones en los genes asociados a resistencia antifúngica. Las 11 muestras analizadas fueron identificadas como C. tropicalis, cuyos perfiles alélicos mostraron una alta diversidad genética al agruparse en 7 complejos clonales. Las mutaciones detectadas en los genes ERG11, ERG3, FKS2, CDR1 y TAC1 no coincidieron con aquellas descritas en la literatura como asociadas a la resistencia antifúngica en C. tropicalis.
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    Identificación de las mutaciones previamente secuenciadas en Ecuador de los genes rpoB, katG y embB, específicos de resistencia a antibióticos, a partir de Mycobacterium tuberculosis
    (PUCE - Quito, 2024) Oleas Arroba, Nicole Estefanía; Guevara Barrientos, Fabio David
    Este estudio investigó la resistencia a antibióticos en cepas de Mycobacterium tuberculosis en Ecuador, empleando 21 genomas secuenciados disponibles en el GenBank. Se observó que la rifampicina tenía la mayor proporción de resistencia con un 25,00%, lo que indica una alta tasa de resistencia a este fármaco clave. Además, la isoniacida mostró una preocupante tasa de resistencia del 23,86%. El etambutol presentó una tasa de resistencia del 14,77%, mientras que la pirazinamida y la estreptomicina tuvieron resistencias del 11,36% cada una. Las capreomicina y la amikacina mostraron un 2,27% de resistencia, y las fluoroquinolonas tuvieron un 5,68% de resistencia. La etionamina, con un 3,40% de resistencia, también destacó como un fármaco con una proporción significativa de resistencia. Se identificaron mutaciones específicas, como katG p.S315T, con un porcentaje de 76,19% para la isoniacida, y rpoB p.S450L para rifampicina con 54,55%, las cuales fueron las más prevalentes. Además, se encontró resistencia significativa al etambutol, con mutaciones como embB p.M306I (44,44%) y embB p.M306V (33,33%). El análisis filogenético resaltó la influencia de la ubicación geográfica en la diversidad genética. Estos resultados enfatizan la importancia del monitoreo continuo de la resistencia a antibióticos en Ecuador y la necesidad de estrategias terapéuticas personalizadas para mejorar el tratamiento de la tuberculosis en la región.