Variabilidad genética de la región de la hemaglutinina del virus de influenza H3 en el Ecuador 2015-2020
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Date
2022
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Publisher
PUCE - Quito
Abstract
Antecedentes: Los virus de Influenza cada año ocasionan entre 291.000 y 645.000 muertes a nivel mundial y los casos de Influenza asociados a fallecimientos son generalmente más elevados los años con predominio de circulación de A(H3N2). Este subtipo tiene una alta variabilidad genética que genera una constante evolución dentro de los linajes a lo largo del tiempo y el remplazo periódico de clados circulantes en los países. Por este motivo, se requiere una vigilancia genómica, así como una actualización y revisión anual de la formulación de la vacuna. Métodos: El objetivo general de la presente investigación es analizar la variabilidad genética de la región hemaglutinina del subtipo de Influenza H3 en el Ecuador. Para esto, el primer paso fue seleccionar secuencias genéticas de virus procedentes de Ecuador a partir de la base de datos GISAID que fueron alineadas mediante el uso de herramientas de bioinformáticas como el MEGA XI, Bioedit y Nextclade. Con el fin de estudiar la variabilidad, así como las relaciones filogenéticas entre los virus de Influenza H3N2 identificados, se utilizó el programa MEGA 11 y Nextstrain. Para describir la historia evolutiva del árbol filogenético se seleccionó el método de Neighbor-Joining y las herramientas utilizadas para establecer las diferencias de residuos de aminoácidos fueron los programas, AA dif y Count GS; los análisis estadísticos, figuras y manejo de base de datos fueron realizados mediante los programas de Microsoft Excel, R Studio y Matlab. Resultados: Entre las secuencias analizadas de Ecuador existió una alta variabilidad genética del subtipo H3 y co-circulación de varios clados/subclados en el período comprendido del 2015 al 2019 lo que podría afectar en el nivel de concordancia de clados circulantes en el país y el clado de la cepa vacunal recomendada. Sin embargo, entre los años 2021 y 2022, la proceso de diversidad genética fue menor y la mayoría de secuencias pertenecían principalmente a un subclado genético el 3C.2a1b.2a.2. Esto probablemente ocurrió debido a la la pandemia del COVID-19 y las medidas de contención que limitaban la transmisión del virus. La presencia de un solo subclado predominante en los años 2021 - 2022, pudo favorecer las estrategias de prevención, considerando que la vacuna y los clados genéticos del virus del Ecuador se encontraban genéticamente relacionados.
Description
Keywords
Biología computacional, Bioinformática, Variación genética, Factores inmunológicos