Ensamblaje a nivel cromosómico y anotación del genoma de aislados de Colletotrichum sp., agente causal de antracnosis en Solanum betaceum Cav. (tomate de árbol) y Solanum quitoense Lam. (naranjilla)

Abstract

La antracnosis es una enfermedad causada por hongos del género Colletotrichum, que impacta gravemente cultivos de interés agrícola y económico en Ecuador, como el tomate de árbol y naranjilla, limitando su rendimiento y vida poscosecha. En este estudio se realizó el ensamblaje a escala cromosómica y la anotación de tres aislados locales de Colletotrichum como base para una caracterización funcional más precisa. Se procesaron lecturas de Illumina mediante el control de calidad y filtrado, luego, se generó un borrador de novo con SPAdes, y, posteriormente, se efectuó el reordenamiento cromosómico por sintenia frente a una referencia cercana (C. scovillei) mediante Ragout. La calidad estructural se evaluó con QUAST y BUSCO. La anotación estructural se realizó con BRAKER3, se depuró a una isoforma por gen (AGAT + gffread) y se extrajeron las proteínas y CDS correspondientes. La anotación funcional combinó homología curada (DIAMOND/Swiss-Prot) y detección de dominios (Pfam/HMMER). Los ensamblajes resultantes se consolidaron en 14-16 scaffolds por aislado, con N50 = 4.5-5.0 Mb, L50 = 5 y completitud BUSCO = 99.6-99.7%, compatibles con borradores a escala cromosómica (pseudocromosomas). BRAKER3 predijo ~13,700-13,900 genes por aislado, y los conjuntos de proteínas no redundantes mostraron completitud BUSCO ~99.9%. La anotación funcional alcanzó 59% de cobertura por homología y 70% por dominios, recuperando un núcleo funcional consistente (transportadores MFS/ABC, reguladores Zn_clus/Fungal_trans, P450/SDR, quinasas, proteínas HET), congruente con la biología hemibiótrofa del género Colletotrichum. En comparación con ensamblajes a nivel de contigs, el ordenamiento cromosómico redujo la fragmentación, mejoró continuidad y favoreció modelos génicos más íntegros e interpretables.