Caracterización de la diversidad genética de deleciones e inserciones en los genomas de SARS CoV-2 en Ecuador y su relación con el fitness viral entre octubre de 2023 y septiembre de 2024
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Date
2025
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Publisher
PUCE - Quito
Abstract
El monitoreo epidemiológico de SARS CoV-2con secuenciación es indispensable actualmente, ya que permite identificar de manera oportuna variantes que pueden ser de interés por su impacto epidemiológico. Como consecuencia de este cambio de enfoque actualmente se cuenta con una gran cantidad de información genómica cuya interpretación es fundamental para que las instituciones de salud y gobiernos puedan tomar decisiones informada ssobre el control y contención del virus. En este contexto, el análisis secundario, es decir el llamado de variantes genómicas es importante pues implica hacer que esta información sea accionable al identificar eventos genéticos que puedan impactar el fitness viral aumentando la transmisibilidad, patogenicidad y disminuyendo la eficiencia de los tratamientos disponibles. Si bien dentro de estos eventos genéticos, las sustituciones de nucleótidos han sido muy estudiadas, este no ha sido el caso para inserciones y deleciones. Razón por la que en este estudio se pretende identificar eventos de deleción e inserción que tengan un impacto positivo en el fitness viral. Esto dentro de cerca de 800 secuencias del virus del SARS CoV-2 en Ecuador que se descargaron del GISAID. También se incluyó más de 1000 secuencias de Colombia, México y Brasil, para contar con un panorama más amplio sobre el comportamiento del virus en la región y con diferentes presiones ambientales dentro del periodo de octubre de 2023 a septiembre de 2024.Esto mediante el uso de herramientas bioinformáticas como NextClade de NextStrain, ancladas en la nube y realizando gráficos y clasificación de datos en Excel, y pruebas estadísticas en R
Description
Keywords
Diversidad Genética, Secuenciación Genómica, Monitoreo Epidemiológico, Fitness Viral