“Análisis comparativo del genoma de los diferentes sublinajes de la variante Ómicron de SARS-COV-2 en Ecuador”
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Date
2023
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Publisher
PUCE - Quito
Abstract
El virus del SARS-CoV-2 tiene la capacidad de acumular mutaciones en su genoma, lo que puede dar lugar a la formación de sublinajes y variantes. Desde el año 2022, la única variante circulante ha sido la variante Ómicron, en la cual se han descrito mutaciones principalmente en la glicoproteína Spike. Varias de estas mutaciones le confieren una mayor capacidad de transmisibilidad y evasión de la respuesta inmune. Sin embargo, en Ecuador aún no se ha descrito la diversidad genética ni las consecuencias de las mutaciones de esta Variante. En este estudio, se determinaron los clados y sublinajes de Ómicron que están circulando en Ecuador. Además, se identificaron las mutaciones puntuales (SNPs) y los cambios de aminoácidos asociados. También se evaluó la importancia biológica de estas mutaciones y su impacto en la transmisibilidad, virulencia y capacidad de evadir la respuesta inmune del virus. Para llevar a cabo este análisis, se utilizaron varias herramientas bioinformáticas, como Nextclade, Outbreak.info, Snipit, CoVsurver e IQTree. En la base de datos de GISAID, se encontraron 5098 secuencias de Ómicron de Ecuador hasta el 31 de enero de 2023. Se identificaron nueve clados y 160 sublinajes en Ecuador. Los cuales han evolucionado dinámicamente a lo largo de 2022, y que nuevos sublinajes están desplazando a otros con nuevas mutaciones de relevancia epidemiológica. El análisis también reveló que existen 37 SNPs comunes entre todos los sublinajes analizados, los cuales causan 19 cambios de aminoácidos en la glicoproteína Spike. Seis de estas mutaciones son de interés epidemiológico y 13 están relacionadas con la unión a receptores de la célula hospedera o la antigenicidad, lo que incrementa la transmisibilidad del virus. Se identificó la mutación T19I, considerada un mecanismo de escape inmunitario, presente en los sublinajes BA.2*, BA.5*, BQ.1*, BQ.1.1.13, XBB.1 y XBB.1.5. El análisis filogenético revela que los sublinajes BA.1*, BA.2* y BA.5* han evolucionado de forma independiente, aunque comparten un ancestro común. Por otro lado, los sublinajes XBB.1 y XBB.1.5 son el resultado de la recombinación de dos sublinajes de BA.2*, mientras que BQ.1* y BQ.1.1.13 han evolucionado a partir del sublinaje BA.5*. Estos resultados resaltan la importancia de continuar vigilando la evolución del virus en Ecuador.
Description
Keywords
SARS-CoV-2 (Virus), Genomas, Glucoproteínas, Evolución viral