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Adaptation of the AFLP technique as a new tool to detect genetic instability and transposition in interspecific hybrids(2011) Vela Peralta, Doris Jimena; Vela, Doris.An adapted amplified fragment length polymorphism (AFLP) protocol is presented for detection of hybrid in- stability in the genome of interspecific hybrids between Drosophila buzzatii and D. koepferae species. Analyses of 15 AFLP instability markers (new bands detected in hybrids) show that up to 81% are the result of transposable element (TE) activity. Twenty TEs associated with AFLP instability markers have been detected by this method in backcross hybrids and segmental hybrids, demonstrating its validity in detecting transposition events occurring during the hybridization process. New insertions of Helena TE have been observed in the hybrid genome after hy- bridization of the TGTCG22 instability marker by FISH. The AFLP marker technique proved to be an efficient method that improves upon traditional and bioinformatic tools previously used to detect TE mobilization. This newly adapted AFLP protocol may also be applied to a large number of organisms outside the Drosophila genus, making it of interest to evolutionary and population genetic researchers working with species where the knowl- edge of the genome is scarce.Item Open Access Análisis de enriquecimiento de genes asociados a la heterogeneidad en Glioblastoma Multiforme(PUCE - Quito, 2024) Balvoa Caguana, Susana Isabel; Vela Peralta, Doris JimenaEl Glioblastoma Multiforme (GBM) es un tumor cerebral agresivo y común en adultos, caracterizado por su heterogeneidad genómica y mal pronóstico, con una supervivencia media de aproximadamente un año tras el diagnóstico. La clasificación del GBM incluye variantes primarias y secundarias, diferenciadas por su origen y características moleculares. Los modelos Machine Learning han revolucionado el análisis de expresión diferencial en estos tumores sin embargo requieren de análisis complementarios y validaciones con estudios biológicos para la comprensión de funciones biológicas, procesos celulares y vías metabólicas implicadas. Este enfoque integral facilitaría la identificación de nuevos objetivos terapéuticos y la mejora de la precisión de las estrategias de tratamiento en la era de la Inteligencia artificial. En este estudio se realizó el análisis de enriquecimiento de genes para interpretar los mecanismos biológicos subyacentes a la heterogeneidad del GBM. Utilizando los resultados del análisis de expresión diferencial del estudio de Arteaga-Arteaga et al. (2023), para ello se determinó una lista de genes de interés que muestran expresión diferencial en GBM. Estos genes fueron analizados mediante técnicas de enriquecimiento funcional utilizando la paquetería gseapy en Python, en contraste con el conocimiento biológico previo a partir de las bases de datos de la Ontología Génica (GO) y la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG). Para el análisis de los resultados se extrajo los términos de mayor significancia estadística así también como relevancia biológica. Los análisis de enriquecimiento en los diferentes escenarios revelan un panorama complejo en el que la regulación del citoesqueleto, la homeostasis de metales, la respuesta al estrés y la señalización oncogénica que desempeñan roles críticos en la biología del glioblastoma multiforme. La recurrencia del EGFR en múltiples términos de GO sugiere que es un punto nodal en la regulación de diversas vías biológicas. Los inhibidores específicos del EGFR o de sus rutas de señalización asociadas podrían ser de gran interés terapéutico en el tratamiento de GBM. También se encontró que CALM1 regula el calcio y la transducción de señales hormonales. Estos genes no solo participan en vías de proliferación celular y oncogénesis, sino también en procesos de señalización hormonal, metabolismo, respuesta al estrés, e infección viral. Asimismo, se encontró el enriquecimiento de la ruta de la homeostasis de minerales y el metabolismo del hierro. Estos resultados subrayan la importancia de desarrollar estrategias terapéuticas que puedan abordar estos procesos de manera integral para mejorar los resultados del tratamiento en pacientes con GBM.Item Open Access Análisis de genes asociados a la resistencia antiviral en el virus mpox(PUCE - Quito, 2025) Rivera Orellana, Jhoan Sebastián; Vela Peralta, Doris JimenaEl Monkeypox virus (Mpox) ha resurgido como una amenaza significativa para la salud pública global, especialmente tras el brote multinacional de 2022, que evidenció su capacidad de propagación en poblaciones previamente no expuestas. Uno de los principales desafíos en el manejo clínico de esta infección es la aparición de resistencia antiviral, particularmente frente a Tecovirimat (TVM) y Cidofovir difosfato (CDFpp), forma activa de Brincidofovir (BCF) y Cidofovir (CDF). Diversos estudios recientes han identificado mutaciones en genes clave como F13L (OPG057), que codifica una proteína de membrana palmitoilada del virión envuelto extracelular (EEV), indispensable para el envolvimiento y el egreso viral, además de ser la principal diana del antiviral tecovirimat. En el caso del complejo de la ADN polimerasa, conformado por las proteínas F8L (OPG071), A22R (OPG148) y E4R (OPG116), se debe señalar que, aunque A22R y E4R cumplen funciones complementarias como factor de procesividad y uracil DNA glicosilasa respectivamente, es F8L, la subunidad catalítica de la polimerasa, la que ha demostrado interacciones directas con compuestos antivirales, de forma análoga a F13, constituyéndose en un blanco terapéutico clave para el desarrollo de inhibidores de la replicación del Mpox. Dichas mutaciones podrían comprometer la eficacia de los antivirales disponibles, limitando las opciones terapéuticas y favoreciendo la aparición y circulación de variantes resistentes. La escasa información disponible sobre los mecanismos moleculares que subyacen a esta resistencia dificulta el desarrollo de estrategias eficaces de vigilancia y control. En este contexto, el presente proyecto tiene como objetivo identificar y caracterizar genes relacionados con resistencia antiviral en variantes recientes del Mpox circulantes en América desde 2024 hasta la actualidad. Para ello, se integraron herramientas de bioinformática, análisis genómico y modelado estructural, priorizando variantes clínicamente relevantes. El estudio se apoyó en bases de datos públicas como GISAID, ChEMBL y Protein Data Bank (PDB), y empleó herramientas reconocidas para la anotación funcional, predicción estructural y evaluación de interacciones proteína-ligando. A partir de ello, se generaron modelos moleculares que permitieron analizar la afinidad de unión de los antivirales con sus respectivas dianas virales, considerando el efecto de mutaciones emergentes. La hipótesis de trabajo plantea que ciertas mutaciones en F13L y la proteina F8L del subcomplejo F8L/A22R/E4R alteran la interacción con antivirales como TVM y CDF difosfato, disminuyendo su efectividad terapéutica. Se espera que los resultados del estudio permitan validar esta hipótesis y contribuyan a comprender los mecanismos de resistencia en el Mpox. Por ende, este proyecto es de alta relevancia en el escenario actual, ya que puede fortalecer la vigilancia genómica, orientar la toma de decisiones clínicas y respaldar el diseño de nuevos antivirales. En última instancia, busca aportar evidencia científica sólida para enfrentar de forma más eficaz los desafíos que plantea la evolución de este virus.Item Open Access Análisis de la expresión diferencial y las vías de señalización involucradas en la hepatotoxicidad inducida por APAP a las 6 horas vs.24 horas en ratones(PUCE - Quito, 2023) Rodríguez Marcano, María Gabriella; Vela Peralta, Doris JimenaEl acetaminofén (APAP), también conocido como paracetamol, es uno de los analgésicos más seguros y más comúnmente utilizados en el mundo para el tratamiento del dolor y la fiebre. Con frecuencia, el APAP ha estado implicado en sobredosis intencionales o no intencionales en las que puede causar daños graves como lesión hepática aguda e incluso insuficiencia hepática aguda. El único antídoto aprobado para uso clínico es la N acetilcisteína, la cual, sin embargo, no es efectiva una vez transcurridas 24 horas de la intoxicación, justamente el tiempo cuando generalmente se presentan los pacientes en los centros de salud. Por lo antes expuesto, se considera necesario encontrar nuevas moléculas con aplicación clínica que permitan tratar con efectividad la etapa tardía de la intoxicación (después de 24 horas en humanos). Para ello, es indispensable un mayor conocimiento sobre el mecanismo de acción del APAP, y este conocimiento incluye identificar los genes expresados diferencialmente y el análisis de enriquecimiento ontológico-funcional para la dilucidación de las vías involucradas en la toxicidad tardía. En el presente estudio se realizó una comparación de la expresión diferencial de genes en un modelo de ratón en las etapas temprana vs tardía para identificar los genes expresados diferencialmente (DEG) entre los grupos control, APAP_6horas (toxicidad temprana en ratón) y APAP_24horas (toxicidad tardía en ratón). El análisis se realizó mediante a herramienta en línea GEO2R y luego se aplicó el análisis de enriquecimiento de la Enciclopedia de genes y genomas de Kyoto (KEGG) para dilucidar las vías de señalización relevantes de los DEG involucrados, empleando la base datos para anotación DAVID. Los genes relevantes identificados diferencialmente entre APAP_6horas y APAP_24horas (Btg2, Ier2, Gdf15, Cyp2c37, Serpine1, S100a8, Pald1///Thbs1 y Fos) se encuentran relacionados con la regeneración temprana, estrés oxidativo e inicio de la atenuación del daño celular. Mientras que la vía principal involucrada en el análisis de enriquecimiento de genes fue el de la citoquina IL-17 por lo que podría pensarse en esta interleuquina como un posible blanco terapéutico para esta fase tardía de la intoxicación. Se sugiere complementar este estudio con una generación y análisis de una red de interacción proteína-proteína (PPI) a fin de interpretar los mecanismos moleculares diferenciales de las actividades celulares clave en la toxicidad por APAP en la etapa tardía.Item Open Access Análisis genómico de Drosophila guayllabambae (Diptera,Drosophilidae) considerada especie endémica del Ecuador utilizando biología computacional(PUCE - Quito, 2025) Villacís López, Keyla Monserrath; Vela Peralta, Doris JimenaEl género Drosophila es un modelo clave para la genética evolutiva, particularmente en la región neotropical, que alberga una biodiversidad excepcional. Este estudio se centra en Drosophila guayllabambae(D. guayllabambae), una especie endémica de Ecuador perteneciente al grupo repleta. El ADN genómico fue secuenciado utilizando la tecnología de secuenciación Illumina, mediante la librería TruSeq DNA Nano y el secuenciador Illumina Hiseq, obteniéndose un ensamblaje del genoma de 160.42 Mb con 9,909 contigs mediante MaSuRCA. La evaluación con BUSCO reveló un 98.90% de ortólogos completos, lo que indica un ensamblaje robusto. Los análisis genómicos comparativos con D. mojavensis, D. melanogastery D. rucux destacaron tanto regiones conservadas como divergencias significativas, reflejando adaptaciones específicas a ambientes áridos y andinos. El genoma comprende 14,364 genes determinados por AUGUSTUS, 69,628 exones y 48,084 intrones, con un 20.06% de elementos transponibles (TEs)enmascarados por Repeat Masker. Estos hallazgos subrayan la importancia de D. guayllabambae como modelo para estudiar procesos evolutivos en especies neotropicales endémicas. Este estudio no solo proporciona un recurso genómico valioso para análisis comparativos, sino que también resalta la necesidad de investigar más a fondo los mecanismos ecológicos y evolutivos que impulsan la biodiversidad en la región. La integración de datos genómicos con estudios ecológicos mejorará las estrategias de conservación para especies endémicas frente a los desafíos ambientales.Item Open Access Análisis metagenómico de la microbiota de Drosophila mesophragmatica: caracterización de especies bacterianas y exploración de relaciones simbióticas(PUCE - Quito, 2024) Rodríguez Vaca, Diego Alejandro; Vela Peralta, Doris JimenaLa biodiversidad es esencial para el equilibrio de los ecosistemas, y la microbiota juega un papel crucial en la salud de los organismos. En este contexto, la investigación se centró en la caracterización de la microbiota de Drosophila mesophragmatica, una especie poco estudiada, mediante análisis metagenómico. El objetivo general fue identificar y caracterizar las bacterias presentes en la mosca y sus posibles relaciones simbióticas. Utilizando secuenciación de próxima generación (Illumina) y herramientas bioinformáticas, se evaluó la diversidad y abundancia relativa de las bacterias. Los resultados revelaron una comunidad bacteriana diversa con géneros predominantes como Akkermansia, Morganella, Gluconobacter, Acinetobacter, Providencia y Escherichia. Además, se identificaron genes relacionados con rutas metabólicas clave, incluyendo la reducción y oxidación del nitrógeno, la reducción del arsenato y la conversión del acetato a metano, así como rutas metabólicas específicas como el ciclo del glioxilato, la glucólisis, la fosforilación oxidativa y la vía de las pentosas fosfato. Estos hallazgos sugieren que las bacterias desempeñan funciones cruciales en la fisiología del hospedador, como la descomposición y digestión de alimentos, la síntesis de nutrientes esenciales, la competencia con patógenos y la estimulación del sistema inmune. Además, las rutas metabólicas identificadas, como la reducción del arsénico y la metanogénesis, indican un papel en la detoxificación y el mantenimiento del equilibrio ambiental en el intestino del hospedador. La investigación no solo logró caracterizar la microbiota de Drosophila mesophragmatica, sino que también proporcionó una base para entender las relaciones simbióticas entre las bacterias identificadas y su hospedador, destacando los beneficios potenciales en términos de salud y nutrición. Estos hallazgos son fundamentales para comprender la ecología microbiana y la evolución de las interacciones hospedador-microbiota, abriendo nuevas oportunidades para aplicaciones biotecnológicas y ecológicas.Item Metadata only Assessment of the toxic effects of chitosan-coated magnetite nanoparticles on Drosophila melanogaster(2020-09-25) Jara Negrete, Eliza Nuit; Pilaquinga Flores, María Fernanda; Vela Peralta, Doris Jimena; Jara Negrete, Eliza NuitNanoparticles are a cause for concern because of their potential toxic effects on human health and the environment. The aim of this study was to assess the toxic effect of chitosan-coated magnetite nanoparticles (11.00±4.7 nm) on Drosophila melanogaster through the observation of hemolymph composition, DNA damage, larval survival and lifespan of flies. Chitosan-coated magnetite nanoparticles were synthesized by co-precipitation method. Drosophila larvaes and adults were exposed to 500 and 1000 ppm nanoparticles solution. After exposure, each type of larval hemocytes was recognized. Comet assay was performed to detect the DNA damage in the hemocytes. Also, the larval survival and lifespan of exposed flies were observed. Our results showed the toxic effect of the chitosan-coated magnetite nanoparticles through the increment of hemocytes, the emergence of lamellocytes, the presence of apoptotic hemocytes and the DNA damage detected by comet assay. In addition, nanoparticles produce decreasing of larval survival and shortening of the mean and maximum lifespan. The toxic effect the chitosan-coated magnetite nanoparticles is directly associated with 1000 ppm. No DNA damage was observed at 500 ppm.Item Open Access Caracterización estructural del gen homeobox abd-A de Drosophila melanogaster y su gen homeobox ortólogo HOXC6 en Homo sapiens(PUCE - Quito, 2023) Serrano Delgado, Clara Yamilet; Vela Peralta, Doris JimenaLos genes homeóticos (HOX), reguladores maestros, tienen en común una secuencia conservada de 180 pares de bases, llamada caja homeótica, codifican factores de transcripción específicos que desempeñan un papel importante en la morfogénesis y diferenciación celular durante el desarrollo, además se consideran factores de transcripción implicados en el desarrollo de varios tipos de cáncer. El objetivo de este estudio fue analizar las secuencias nucleotídicas de los genes ortólogos homeobox abd-A de Drosophila melanogaster y del gen HOXC6 (homeobox C6) en Homo sapiens. La investigación tuvo un enfoque cuantitativo, descriptivo, trasversal, observacional con aplicación de herramientas bioinformáticas; se analizó mediante Biopython información genética recuperada del National Center for Biotechnology Information (NCBI), además se utilizaron bases de datos como Ensembl, UniProt, y FlyBase. Los resultados de esta investigación determinaron que la longitud y composición nucleotídica de los genes analizados son diferentes con una supremacía del gen abd-A, además el gen HOXC6 se localizó en el cromosoma 12, mientras que el gen abd-A en el cromosoma 3, se determinó la presencia del homeodominio en ambas estructuras genéticas así como el motivo de unión al ADN y la proteína homeobox codificada, en conclusión, el estudio profundo de las estructuras genéticas a partir de herramientas bioinformáticas, permite una visión integral de su composición, nos lleva a determinar mutaciones genéticas y alteraciones en su expresión, permitiendo profundizar el conocimiento biológico y tomar decisiones acertadas para la prevención y tratamiento de diversas patologías.Item Open Access Comparación de la composición proteica del veneno de Bothrops jararaca de la Mata Atlántica de Brasil y Bothrops asper proveniente del occidente del Ecuador(PUCE - Quito, 2023) Espin Angulo, Joseph Ahrim; Vela Peralta, Doris JimenaLas serpientes de la familia Viperidae se han destacado por presentar uno de los venenos más complejos de estudiar debido a la presencia de diferentes familias proteicas las cuales pueden tener varias isoformas. Las especies de vipéridos que causan más accidentes ofídicos cada año son Bothrops asper y Bothrops jararaca, pertenecientes a la región del Occidente del Ecuador y a la Mata Atlántica de Brasil, respectivamente. Se ha observado que las condiciones ambientales, el sexo, la edad y alimentación, pueden generan variabilidades en la composición del veneno de las serpientes. Sin embargo, existen proteínas que se encuentran compartidas como las metaloproteinasas, serino proteasas, fosfolipasas, desintegrinas, lectinas tipo C y miotoxinas. El veneno de B. jararaca es ampliamente estudiado por sus usos farmacológicos, por lo que se ha identificado alrededor de 288 proteínas, mientras que en B. asper solo se han evidenciado 25 proteínas, debido a la falta de estudios relacionados a esta especie. Por ende, para llenar este vacío de conocimiento se evaluó la presencia o ausencia de las familias proteicas de la fosfolipasa A2, esfingomielinasa D, conotoxinas, toxinas tipo A (CfTX-A), alergeno 5, arilsulfatasa y las toxinas de tres dedos en el transcrito de la glándula venenosa de B. jararaca y B. asper. Debido al tamaño de los archivos se requirió del uso de herramientas y paquetes bioinformáticos. A lo largo de esta investigación se encontraron que varias proteínas están presenten en los transcriptomas de ambas especies, no obstante, proteínas como las conotoxinas estaban solo en B. asper y las neurotoxinas se encontraban solo en B. jararaca. Por lo cual se concluyó que el análisis proteico del veneno de las serpientes u otros organismos es un reto, ya que estos pueden provocar un mismo efecto, pero a través de diferentes vías y proteínas. Por tanto, si se llega a estudiar más afondo la composición proteica del veneno se podrán tomar medidas de prevención y generar tratamientos más efectivos.Item Open Access Descripción de nueve especies nuevas del género Drosophila (Diptera: Drosophilidae) del grupo tripunctata y redescripción de D. carlosvilelai Vela y Rafael 2001(PUCE - Quito, 2021) Suárez Cueva, Coraima Elizabeth; Vela Peralta, Doris JimenaSe describen nueve especies nuevas del género Drosophila del grupo Drosophila tripunctata y se realizó la redescripción de D. carlosvilelai Rafael y Vela, 2001. Las especies analizadas fueron colectadas en cuatro localidades de las provincias de Pichincha y Napo, en cuatro localidades: Bosque Protector Pasochoa entre 3 260 y 3 310 msnm., Laguna de Papallacta a 3 400 msnm., Río Guango a 2 550 msnm. y Cosanga a 2 212 msnm. D. bivalba sp. nov., D. coniforme sp. nov., D. mallki sp. nov, D. mayu sp. nov. y D. panchiy sp. nov. fueron ubicadas dentro del grupo Drosophila tripunctata, pero sus características no se ajustaron a un subgrupo. Al igual Drosophila neopatacorona sp. nov. se ubicó dentro del grupo Drosophila tripunctata ya que estaría relacionada con Drosophila patacorona Rafael y Vela, 2005. Sin embargo D. hemiloewi sp. nov. y D. paraloewi sp. nov. presentan un cierto parecido a D. loewi Vilela y Bächli, 2000 por lo cual fueron ubicadas dentro del subgrupo IV del grupo Drosophila tripunctata. D. paraloewi sp. nov. anteriormente registrada como el primer avistamiento de D. paraguayensis en el Ecuador por Vela y Rafael (2001), fue reidentificada y descrita como especie nueva. En este estudio se realizó la redescripción de D. carlosvilelai al encontrar paratipos en una nueva localidad y contar con una hembra para su descripción, no se realizó ningún cambio en la organización de esta especie.Item Metadata only Drosophila Females Undergo Genome Expansion after Interspecific Hybridization(2016-02) Vela Peralta, Doris Jimena; Vela Peralta, Doris JimenaGenome size (or C-value) can present a wide range of values among eukaryotes. This variation has been attributed to differences in the amplification and deletion of different noncoding repetitive sequences, particularly transposable elements (TEs). TEs can be activated under different stress conditions such as interspecific hybridization events, as described for several species of animals and plants. These massive transposition episodes can lead to considerable genome expansions that could ultimately be involved in hybrid speciation processes. Here, we describe the effects of hybridization and introgression on genome size of Drosophila hybrids. We measured the genome size of two close Drosophila species, Drosophila buzzatii and Drosophila koepferae, their F1 offspring and the offspring from three generations of backcrossed hybrids; where mobilization of up to 28 different TEs was previously detected. We show that hybrid females indeed present a genome expansion, especially in the first backcross, which could likely be explained by transposition events. Hybrid males, which exhibit more variable C-values among individuals of the same generation, do not present an increased genome size. Thus, we demonstrate that the impact of hybridization on genome size can be detected through flow cytometry and is sex-dependent.Item Metadata only Efecto genotóxico in vivo de nanopartículas de hierro en plasmatocitos y lamelocitos de Drosophila melanogasterPilaquinga Flores, María Fernanda; Vela Peralta, Doris JimenaLa Escuela Superior Politécnica del Litoral, impulsando la sociedad del conocimiento, mediante la Facultad de Ciencias de la Vida encargada de organizar las cuadragésimas XL Jornadas Nacionales de Biología, evento promocionado por la Sociedad Ecuatoriana de Biología y que se constituye como el más importante espacio para la difusión de la investigación e innovación en el área de las Ciencias de la Vida; a realizarse desde el 16 al 18 de noviembre de 2016 en el Campus Prosperina de la ESPOL, en el Auditorio del Centro de Información Bibliotecario y cuenta con la participación de investigadores nacionales e internaciones en las temáticas antes escritas, con el horario de 09h00 hasta las 18h00. Evento trascendental de actualización y fortalecimiento científico que reúne anualmente a científicos, profesionales y estudiantes del área de las ciencias biológicas y ciencias afines de todas las universidades del país en un espacio de integración, diálogo y divulgación de resultados de investigación.Item Open Access Enfoque metagenómico para diagnóstico y tratamiento de enfermedades de piel(PUCE - Quito, 2025) Garzon Romero, Cristina Cecibel; Vela Peralta, Doris JimenaLa piel funciona como un complejo ecosistema donde la interacción balanceada entre el huésped y su microbiota resulta esencial para mantener la salud cutánea (homeostasis) y prevenir el desarrollo de enfermedades dermatológicas de origen inflamatorio, infeccioso o neoplásico. Las disrupciones en este equilibrio microbiano, conocidas como disbiosis, han impulsado la necesidad de herramientas moleculares avanzadas para su caracterización. Este trabajo de investigación se enfoca en la aplicación de la metagenómica como una estrategia integral para analizar la composición y función del microbioma cutáneo, destacando su valor en el diagnóstico y la orientación terapéutica de las patologías de la piel. A lo largo de la monografía, se examinan los principales patrones taxonómicos y funcionales alterados en diversas afecciones cutáneas, al tiempo que se resaltan las limitaciones de los métodos microbiológicos tradicionales frente a la complejidad ecológica de estas comunidades. Se subraya el poder de la secuenciación metagenómica de shotgun para superar estas limitaciones, ya que permite identificar microorganismos con alta resolución (a nivel de especie y cepa) y detectar el repertorio genético completo, incluyendo genes asociados con la virulencia, la resistencia a antimicrobianos y funciones metabólicas críticas para la patogénesis cutánea. Además, se detalla la metodología completa del workflow metagenómico aplicado a la piel, que abarca desde la recolección y optimización de la extracción de ADN (un paso crítico debido a la baja biomasa microbiana de la piel) hasta el análisis bioinformático e interpretación clínica de los datos. Este enfoque permite la integración de la información taxonómica y funcional con el estado clínico del paciente, facilitando diagnósticos más precisos y una mejor planificación terapéutica. Finalmente, se presenta ejemplos clínicos (como dermatitis atópica, acné, psoriasis e infecciones) donde la metagenómica ha demostrado ser una herramienta valiosa, lo que refuerza su potencial para apoyar la dermatología de precisión. En resumen, la metagenómica se establece como una metodología fundamental para lograr una comprensión más profunda e integradora de las enfermedades cutáneas, permitiendo el avance hacia estrategias diagnósticas y terapéuticas personalizadas y basadas en la ecología microbiana del huésped.Item Open Access Ensamblaje del genoma mitocondrial de las especies andinas Drosophila cashapamba, Drosophila machachensis, Drosophila mesophragmatica, Drosophila guayllabambae y Drosophila papallacta (Diptera, Drosophilidae)(PUCE - Quito, 2023) Vera Díaz, Carlos Leonardo; Vela Peralta, Doris JimenaEl género Drosophila comprende muchas especies distribuidas a nivel global. Dentro de este género, se e encuentran las especies andinas del Ecuador D. cashapamba, D. guayllabambae, D. machachensis, D. papallacta y D. mesophragmatica de las cuales no se posee información molecular suficiente. Este estudio busca comparar los ensamblajes mitocondriales de estas especies al utilizar diferentes referencias, D. melanogaster y D. mojavensis. La razón de utilizar estas dos especies como referencias radica en el origen geográfico de ellas; D. melanogaster es una especie africana, mientras que D. mojavensis es una especie norteamericana. Para realizar los ensamblajes se utilizó la herramienta bioinformática de NOVOPlasty, las referencias serán procuradas del Centro Nacional para Información Biotecnológica, NCBI. Posterior al ensamblaje de las especies andinas ecuatorianas, se realizó el análisis comparativo mediante herramientas bioinformáticas. Se obtuvieron 10 ensamblajes en total, dos por cada especie, y 16 figuras dot plot, una comparando las referencias, 10 comparando el ensamblaje de las especies versus las referencias, y 5 comparando los ensamblajes de una misma especie. Estos resultados demostraron que ambas referencias arrojaban resultados similares, con unas pequeñas diferencias, siendo fragmentos de la región A+T de D. melanogaster. Hubo un caso extraordinario de D. papallacta cuando se utilizó a D. mojavensis como referencias, obteniendo un ensamblaje de 727 pares de bases, que no se relaciona a la diferencia entre los genomas mitocondriales de referencias. Se recomienda más análisis para determinar la razón de este caso.Item Open Access Ensamblaje y caracterización del genoma mitocondrial de Drosophila amaguana (Diptera: Drosophilidae)(PUCE - Quito, 2023) Machado Balladares, Neal Gonzalo; Vela Peralta, Doris JimenaDrosophila amaguana, es una especie andina perteneciente al grupo mesophragmatica, que a su vez pertenece a la radiación virilis-repleta del subgénero Drosophila esta especie es de gran tamaño y se caracteriza por habitar bosques andinos con vegetación alta, baja luminosidad y mucha humedad. D. amaguana es un organismo de interés, debido a que tiene uno de los genomas mitocondriales más grandes del género Drosophila, se estima que el tamaño de su genoma podría alcanzar unas 600 Mb (datos no publicados). En este estudio se realizó el ensamblaje del genoma mitocondrial de Drosophila amaguana. La información de este genoma es importante para esclarecer las relaciones filogenéticas entre las especies del grupo mesophragmatica. Utilizando los datos de secuenciación illumina, mediante herramientas bioinformáticas como NOVOPlasty 4.3, bowtie2, IGV, BBMap y GEPARD, se ensambló y caracterizó el genoma mitocondrial de D. amaguana. Además, se comparó con el genoma de la especie de referencia Drosophila melanogaster. Los resultados demostraron que existe diferencias de tamaño en los genomas mitocondriales de D. melanogaster 19523 pb y D. amaguana 15078 pb. Además de encontrarse que D. melanogaster tiene muchos satélites en el bloque final de su genoma mitocondrial. A través del web server MITOS, se identificaron los genes mitocondriales del genoma de D. amaguana: 37 genes (2 ARNr, 22 ARNt y 13 polipéptidos implicados en la fosforilación oxidativa), número similar a los genes mitocondriales encontrados en otras especies de este género. Adicionalmente con los genes mitocondriales COX 1 y COX 2 se construyó en árbol de distancia genética con especies neotropicales.Item Metadata only Fertility and iron bioaccumulation in Drosophila melanogaster fed with magnetite nanoparticles using a validated method(2021-05) Jara Negrete, Eliza Nuit; Pilaquinga Flores, María Fernanda; Vela Peralta, Doris Jimena; Jara Negrete, Eliza NuitResearch on nanomaterial exposure-related health risks is still quite limited; this includes standardizing methods for measuring metals in living organisms. Thus, this study validated an atomic absorption spectrophotometry method to determine fertility and bioaccumulated iron content in Drosophila melanogaster flies after feeding them magnetite nanoparticles (Fe3O4NPs) dosed in a culture medium (100, 250, 500, and 1000 mg kg-1). Some NPs were also coated with chitosan to compare iron assimilation. Considering both accuracy and precision, results showed the method was optimal for concentrations greater than 20 mg L-1. Recovery values were considered optimum within the 95-105% range. Regarding fertility, offspring for each coated and non-coated NPs concentration decreased in relation to the control group. Flies exposed to 100 mg L-1 of coated NPs presented the lowest fertility level and highest bioaccumulation factor. Despite an association between iron bioaccumulation and NPs concentration, the 500 mg L-1 dose of coated and non-coated NPs showed similar iron concentrations to those of the control group. Thus, Drosophila flies' fertility decreased after NPs exposure, while iron bioaccumulation was related to NPs concentration and coating. We determined this method can overcome sample limitations and biological matrix-associated heterogeneity, thus allowing for bioaccumulated iron detection regardless of exposure to coated or non-coated magnetite NPs, meaning this protocol could be applicable with any type of iron NPs.Item Open Access Filogenia molecular de las especies del género Drosophila pertenecientes al grupo Drosophila mesophragmatica en base a los genes ADH, amd y COII(PUCE - Quito, 2020) Cabrera Ruíz, Franco Stelios; Vela Peralta, Doris JimenaEl grupo mesophragmatica está conformado por 19 especies, más del 50% se encuentran en el Ecuador. Las relaciones filogenéticas del grupo son inconsistentes debido a la falta de análisis moleculares que sustenten las agrupaciones morfológicas que han sido sugeridas. En este estudio se estimaron las relaciones filogenéticas de 12 especies del grupo mesophragmatica, en donde se incluyeron 7 especies ecuatorianas (D. amaguana, D. neoamaguana, D. cashapamba, D. rucux, D. chorlavi, D. mesophragmatica, D. yanayuyu). Para establecer las relaciones filogenéticas en el grupo se usaron dos genes nucleares (alcohol deshidrogensa, alfa metil dopa-resistente) y un gen mitocondrial (citocromo oxidasa II), los cuales fueron analizados mediante el método de máxima verosimilitud. El árbol filogenético resultante divide a las especies en dos grupos, el primer grupo se encuentra conformado por las especies D. amaguana, D. neoamaguana, D. cashapamba y D. yanayuyu, y el segundo agrupa a D. rucux, D. chorlavi, D. mesophragmatica, D. pavani, D. gasici, D. viracochi, D. brncici, y D. gaucha. Evidencias morfológicas y citológicas confirmaron las relaciones filogenéticas de 6 especies ecuatorianas en nuestro estudio, sin embargo D. yanayuyu presenta características morfológicas muy distantes al grupo mesophragmatica, por ende, sus relaciones dentro del grupo son inconsistentes; este estudio muestra un análisis preliminar de las relaciones filogenéticas del grupo mesophragmatica, los cuales necesitan ser complementados con las 19 especies del grupo.Item Open Access Generación de modelos hipotéticos de nuevas proteínas identificadas en el transcriptoma de las glándulas de veneno de Bothrops asper y Bothrops jararaca(PUCE - Quito, 2024) Espín Angulo, Joseph Ahrim; Vela Peralta, Doris JimenaEste estudio se centra en la caracterización de nuevas proteínas presentes en el transcriptoma de la glándula de veneno de Bothrops asper y Bothrops jararaca, describiendo por primera vez los sitios conservados de proteínas importantes como el alérgeno 5, la apolipoforina, la arilsulfatasa y el dihidroorotato deshidrogenasa (DHODH). Estas proteínas tienen funciones críticas en el veneno, desde promover respuestas inflamatorias hasta interferir con procesos de coagulación. Se utilizaron herramientas bioinformáticas como Jalview y CHIMERA para analizar las secuencias y estructuras de estas proteínas, además, se emplearon servidores en línea de I-TASSER y SAVES v6.1(Structure Validation Server) para la predicción y validación de los modelos tridimensionales. Los sitios conservados y dominios se identificaron con Pfam desde InterPro. El análisis de los sitios conservados del alergeno 5 en las proteínas CRISP de Bothrops, mostrando similitudes estructurales con el alergeno 5 de la glándula de veneno de avispas. En la apolipoforina se observó una alta conservación del dominio vWFD con similitudes estructurales con la hormiga trampa Odomantus monticola. Además, se identificaron dominios conservados de arilsulfatasa y botrocetina, destacando su potencial función en la degradación de GAGs y la interacción con el magnesio, respectivamente. La estructura de DHODH mostró similitudes con las versiones humana y bacteriana, aunque con una región N-terminal ausente en las serpientes estudiadas. Este estudio proporciona una caracterización detallada de estas proteínas, sugiriendo roles significativos en la toxicidad del veneno y ofreciendo una base para futuras investigaciones sobre sus aplicaciones terapéuticas y mecanismos de envenenamiento.Item Open Access Genoma mitocondrial de Drosophila y su aplicación en la construcción de filogenias(PUCE - Quito, 2025) Encalada Hinojosa, María Lazaleth; Vela Peralta, Doris JimenaEl genoma mitocondrial de Drosophila se ha consolidado como una herramienta esencial en estudios de evolución, filogenia y conservación. Su estructura compacta, herencia materna, ausencia de recombinación y elevada tasa de mutación lo convierten en un marcador molecular particularmente útil. Este mitogenoma está compuesto por 37 genes funcionales, entre ellos 13 codificadores de proteínas, 2 de ARN ribosomal y 22 de ARN de transferencia, todos involucrados en procesos celulares fundamentales como la fosforilación oxidativa y la síntesis proteica mitocondrial. En estudios filogenéticos, los genes altamente conservados como COI, COII y CytB han demostrado ser eficaces para resolver relaciones profundas dentro del género, mientras que genes más variables como ND5, ATP6 y regiones intergénicas permiten dilucidar divergencias recientes entre especies estrechamente relacionadas. Sin embargo, fenómenos como la introgresión mitocondrial o la saturación de mutaciones pueden afectar la resolución de árboles evolutivos, lo que ha motivado la incorporación de marcadores nucleares como EF-1α, 28S rRNA y elementos ultraconservados (UCEs) para fortalecer las inferencias. Comparaciones con otros insectos, como Apis mellifera o Bombyx mori, han revelado tanto similitudes estructurales como particularidades funcionales del mitogenoma de Drosophila, reafirmando su valor como organismo modelo. Además, el análisis mitocondrial ha contribuido significativamente a la biogeografía evolutiva, permitiendo reconstruir patrones históricos de dispersión y colonización, principalmente en especies insulares como las del archipiélago hawaiano. Finalmente, el desarrollo de herramientas moleculares avanzadas como el secuenciamiento de nueva generación, el metabarcoding ambiental (eDNA) y los análisis coalescentes refuerza el papel del genoma mitocondrial como un eje integrador para la investigación en biología evolutiva, genética poblacional y conservación de la biodiversidad.Item Open Access A genome-wide survey of genetic instability by transposition in Drosophila hybrids.(2014) Vela Peralta, Doris Jimena; García Guerreiro, María PilarHybridization between species is a genomic instability factor involved in increasing mutation rate and new chromosomal rearrangements. Evidence of a relationship between interspecific hybridization and transposable element mobilization has been reported in different organisms, but most studies are usually performed with particular TEs and do not discuss the real effect of hybridization on the whole genome. We have therefore studied whole genome instability of Drosophila interspecific hybrids, looking for the presence of new AFLP markers in hybrids. A high percentage (27–90%) of the instability markers detected corresponds to TEs belonging to classes I and II. Moreover, three transposable elements (Osvaldo, Helena and Galileo) representative of different families, showed an overall increase of transposition rate in hybrids compared to parental species. This research confirms the hypothesis that hybridization induces genomic instability by transposition bursts and suggests that genomic stress by transposition could contribute to a relaxation of mechanisms controlling TEs in the Drosophila genome.