Estudio filogenético y genotipificación del virus del síndrome de la mancha blanca
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Date
2021
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Publisher
PUCE - Manabí
Abstract
Este estudio semicuantitativo evaluó las principales cepas del virus de la mancha blanca (WSSV, por sus siglas en inglés) registradas en The National Center for Biotechnology Information (NCBI), para establecer su filogenia y genotipificación, y dilucidar el efecto de la virulencia que afecta la supervivencia de los cultivos de camarón. Consiguientemente, este estudio se ejecutó mediante análisis bioinformático (in silico) en Bahía de Caráquez, Ecuador, durante febrero y marzo de 2021. Para ello, se realizó un árbol filogenético y una evaluación genética de las proteínas estructurales VP19 y VP28. Los resultados del árbol filogenético muestran que las cepas más afines son China y Taiwán con 98,7%, mientras que la cepa de Ecuador y una segunda cepa de China presentan similitud de 95,7% determinando que dos variantes generan problemas en América. En cuanto al genotipado del gen VP28, se observa variación en los genes de China (CN03 y CN04) y Australia en posición Glicina 49, y en la cepa CN02 en la posición 56; en el gen VP19, las variaciones se presentan en CN03, CN04 y Australia en la posición Alanina 90. Esto permite concluir que mediante el uso de la filogenia se establece cercanía de la cepa reportada en Ecuador, y lejanía de la cepa de alta virulencia de Taiwán; en cuanto a la genotipificación, se establece el cambio entre Isoleucina por Asparagina en VP19 que afecta la virulencia, aunque este cambio no se observa para la cepa de Ecuador.
Description
Keywords
WSSV, Filogenia, Virulencia, Genotipado