Flores Flor, Francisco JavierToaza Mora, Alexander Javier2026-01-142026-01-14202515258https://repositorio.puce.edu.ec/handle/123456789/47879El cacao representa un componente esencial de la identidad agrícola ecuatoriana, siendo considerado un símbolo nacional. En Ecuador, destaca la variedad de cacao CCN-51 (Colección Castro Naranjal Cultivar 51), desarrollada mediante el cruzamiento genético entre los tipos Criollo y Forastero. La muerte descendente de la planta y podredumbre de la mazorca del cacao representa una amenaza creciente para la producción de cacao en Ecuador. Recientemente, Lasiodiplodia laeliocattleyae ha sido identificada como el agente etiológico responsable de esta patología en plantas de cacao CCN-51, razón por la cual, se abordó el análisis genómico de Lasiodiplodia laeliocattleyae. A partir de secuenciación de alto rendimiento, se ensambló y anotó el genoma de la cepa LT1A, obtenida de cultivos de cacao CCN-51. El ensamblaje con SPAdes permitió una anotación estructural robusta mediante Funannotate, identificando más de 13,419 modelos génicos válidos. Se caracterizó el secretoma fúngico con herramientas como SignalP, TMHMM y EffectorP, detectando 435 proteínas con potencial efector, de las cuales 12 mostraron alta similitud con proteínas de L. theobromae, lo que evidencia conservación funcional. El análisis ortológico con OrthoVenn3 identificó 15 efectores citoplasmáticos exclusivos en L. laeliocattleyae, no detectados por BLASTP, lo que sugiere adaptaciones específicas en su interacción con el hospedador. Estos hallazgos aportan evidencia sobre la evolución funcional dentro del género Lasiodiplodia y constituyen una base molecular para futuras estrategias de manejo fitosanitario y mejoramiento genético en cacao.esLasiodiplodia laeliocattleyae - GenómicaCacao - Enfermedades y plagas - EcuadorPlantas de cacao - Mejoramiento genéticoSecuenciación de alto rendimientoTheobroma cacao - Plantas - VariaciónmasterThesis