Análisis de la genética poblacional de Coffea canephora

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dc.contributor.advisorGonzález García, Laura Natalia
dc.contributor.authorMacas Pogo, Geovanny Patricio
dc.date.accessioned2026-01-15T16:13:00Z
dc.date.available2026-01-15T16:13:00Z
dc.date.issued2025
dc.description.abstractCoffea canephora, conocido como café robusta, es una de las principales especies cultivadas de café a nivel mundial, valorada por su resistencia a enfermedades, alto contenido de cafeína y adaptabilidad a condiciones ambientales adversas. Sin embargo, su diversidad genética en América Latina aún no ha sido caracterizada en profundidad, lo que limita las estrategias de conservación y mejoramiento. El presente estudio analizó la variabilidad genética de 20 muestras de C. canephora procedentes de México y Brasil mediante secuenciación Illumina, usando como referencia el genoma de la especie y un flujo bioinformático basado en Galaxy, PLINK y RStudio. Las muestras se seleccionaron aleatoriamente por tratarse de un estudio exploratorio y comparativo, orientado a una primera aproximación de la variabilidad genética. El número de muestras fue limitado debido a la alta capacidad computacional requerida para analizar un conjunto de datos más amplio. Se evaluaron métricas de heterocigosidad, componentes principales (PCA), distancias genéticas (ASD) y agrupamiento mediante Neighbor-Joining. Los resultados revelaron una distribución bimodal de la heterocigosidad observada, con genotipos altamente heterocigotos (Ho ≈ 0.80–0.90) y otros con valores reducidos (Ho ≈ 0.10–0.15). El PCA explicó el 82 % de la variación genética (PC1 = 75.2 %), mostrando una clara diferenciación entre muestras mexicanas (más homogéneas, ASD promedio ≈ 0.12) y brasileñas (más heterogéneas, ASD promedio ≈ 0.18). Además, se identificaron outliers genéticos, como el par M11–M16, que sugieren posibles eventos de flujo génico o introducciones cruzadas. Los resultados aportan información clave sobre la estructura poblacional de C. canephora y constituyen un primer paso hacia la integración de la diversidad regional en estrategias globales de conservación y programas de mejoramiento genético orientados a enfrentar los desafíos del cambio climático y fortalecer la sostenibilidad de la caficultura.
dc.id.advisorAX806019
dc.id.author1721393005
dc.identifier.other15263
dc.identifier.urihttps://repositorio.puce.edu.ec/handle/123456789/47884
dc.language.isoes
dc.publisherPUCE - Quito
dc.subjectCoffea canephora - Variación genética
dc.subjectGenética de poblaciones vegetales
dc.subjectSecuenciación de nucleótidos de alto rendimiento
dc.subjectAnálisis de componentes principales
dc.subjectRecursos genéticos vegetales
dc.subjectCafé - Mejoramiento genético - América Latina
dc.titleAnálisis de la genética poblacional de Coffea canephora
dc.typemasterThesis
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Trabajo de Titulación - Maestría / Macas Pogo Geovanny Patricio
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Tesis - Maestría en Biología Computacional